随着第一次忍界大战的结束，众人回归木叶，表面上一切都结束了，事实上，一场更大的风波却在酝酿。
第一次忍界大战是有人背后挑起的，神秘的“枭”再次现身，千手扉间甚至死在他手上了一次，拦截猪鹿蝶的黑底红云组织，失踪的千手族长被别人控制，甚至能够使用木遁。
一个接一个的谜团如阴云一般笼罩在千手柱间心头，但他没有向任何人透漏过一丝。
回到木叶后，对这次大战中所有的人开始论功行赏，因为有其余三大村的赔偿，木叶一下变得财大气粗起来，就连一向节俭的千手柱间都开始大方起来。
这些事，大约忙活了一个月，比攻向其他大国本土耗费的时间还长，毕竟内部利益的分配，总是最耽搁时间的。
高层会议一场接一场，根本没有停歇过。
最后的结果总算能让大家满意，木叶逐渐恢复往日的平静，当然，因为这次大战他们是战胜国，好处多不胜数，在那些不平等的条约中，其他大国的物资都要往木叶流入。
可以预见的，这次过后木叶将更加强大，而其余大国更加弱小，甚至会成为一种恶性循环。
然而，表面的繁荣下，暗涌却无法被掩盖。
……
木叶地下，“根”部的秘密基地内，一处暗室，四周被封闭的无比严密，只有两个人影在火光的映照下出现，影子在火光下摇曳，不断的变换着。 千手扉间一脸严肃的将手中的一堆资料放下，开口道：“大哥，所有‘根’部成员的名单全在这里，没有任何一个成员的代号是‘炎’。而且土影埋伏我是当天的事，事前我根本没有接到任何消息，更不可能
派人去找大哥求援。”
千手柱间将双肋抵在桌上，疲倦的揉了揉鬓角，他没有翻开这些资料，而是眉眉道“也就是说，这个‘炎’不是我们木叶的人，除了‘枭’那伙人外，还有另一股隐匿在暗中的人或势力是我们所不知道的。”
千手扉间点头，拿起了柱间身旁另一叠资料翻开道：“没错，不过根据奈良族长的描述，那个穿着黑底红云装的神秘组织，该是和‘枭’一伙才对。”
他说着，抽出一张反手放在桌上：“角都，泷忍村忍者，曾被誉为泷隐最具有天赋的天才，三年前来木叶执行秘密任务，神秘失踪，被认为在某处死亡，直到前一个月再次现身。”
柱间将这份资料转过，目光幽深的看着，“没有实质意义，无法通过他抓出幕后的‘枭’。” 说着，柱间又叹息一声，“我本以为木叶建立后就能让大家真正的享受到和平，却是我一厢情愿了，不说这次突然爆发的战争，就连暗地里还有这种神秘的组织我们都毫无察觉，真是失职了，好在那个‘