在当时这可属于大工程，他忙活了近两年的时间，到了万历十七年四月，才算是把整个河南境内的黄河河堤修筑梳理一遍。可还没等他喘口气，在万历十七年六月，黄河再次决口于夏镇！对于抢险救灾也算轻车熟路的石星责无旁贷，又再次投入到了处理后续事情中去。
到了万历十八年，大概是由于石星的两次抢险救灾处理的妥当，得到了内阁和朱翊钧的认可，被调到了户部出任尚书。就在他刚得到要去户部出任尚书的圣旨没多久，麻烦再次来了：这一年先是二月份直隶顺德府发生大地震；三月份直隶大名府狂风暴雨，民房倒塌无数，山东兖州府、济南府、青州府，河南开封府、彰德府、卫辉府、归德府等地也接连传来黑风卷沙，民房损毁无数，损失惨重的消息；四月份京师大旱、湖广饥荒；五月份山西地震；六月份青海部落浩尔齐入侵，户部要筹备钱粮等物用于战争……
总之，在石星出任户部尚书的一年多时间里，他根本就没有安生过哪怕是一个月，天灾人祸是一件接一件，让他真是操碎了心。在万历十九年，他终于离开了麻烦不断的户部，去任了兵部尚书，本以为只专心处理边关那些草原人的小打小闹即可，但实际情况却是让他措手不及。
石星是万历十九年八月调任兵部尚书的，就在本月底，河套部大举南下犯边，等处理好这件事，已经进入了万历二十年。就在这一年二月十八日，宁夏哱拜纠合其子承恩、义子哱云及土文秀等，嗾使军锋刘东旸叛乱，杀党馨及副使石继芳，纵火焚公署，收符印，发帑释囚，这就是规模颇大的宁夏之乱！
还没等兵部尚书石星想好应付宁夏叛乱的策略，就传来了朝鲜使者的求援哭诉，他们被小日本侵略，全国已经快要沦陷了，请天朝上邦赶紧发兵救援！真是祸不单行，让石星忙的头都大了，又要平定宁夏，还要派兵威慑时降时叛的西南土司，朝鲜那边还不能置之不理……
打仗倒是其次，关键是曾经做过工部尚书和户部尚书的石星知道，无论是工部还是户部，由于天灾人祸不断，国库入不敷出，都没有多少存银。特别是作为国库的户部太仓库，石星了解的一清二楚，哪里还有多余的银子供兵部预支打仗啊！
堂堂大明没钱打仗，这可把兵部尚书石星差点愁白了头，可无论是宁夏还是进犯朝鲜的日本，都是必须要打的，这是朱翊钧的亲自批示。最后实在是没有办法，石星与时任内阁首辅的王家屏商量之后，上奏朱翊钧，挪用了太仆寺和南京国库的存银，并把这些银子作为专门用于战争的备用资金。其实这也是没有办法不得已而为之，除了皇宫的内库还有些积蓄之外，整个大明也就太仆寺那些专门用于马政的银子和南京国库的备用存银了。
平定宁夏倒是还算顺利，花费的银子还不到百万两，但是远在朝鲜的战争，可就没有那么顺利了。这几年的杖打下来，除去宁夏用的近百万两外，仅朝鲜那边，就花去了三百多万两的白银！这已经用去了战争专项资金的一半以上，再继续打下去，即便是能在半年之内打退倭寇，可那还剩下的二百来万两银子，也就打的差不多了！到时如何应付边关的战争？如何应急？作为兵部尚书，石星不得不考虑这些。
说实在的，石星最开始的时候是对去朝鲜打日本最坚决的人之一，要不是他与朱翊钧还有当时的内阁首辅王家屏一力坚持，大明哪能决策和反应的那么快，敢同时应对宁夏叛乱和朝鲜之战！
可是，在其位就要谋其政，这是石星一直坚持的格言，他也是这么做的！眼看着大明花钱如流水，战争的备用款快速的消耗，这让他这个兵部尚书怎能坐得住？唯有快速的结束这场发生在属国的战争才行。正好当时日本好像也有和谈的意思，思前虑后，石星迫不得已做出了决定，转变立场，支持和谈，尽快结束这场该死的战争！