明史中把马士英收入奸臣传，但看明史，马也并非一无是处。他通过科举考试中进士后，一路升迁。在崇祯5年做到右佥都御史。在任上，挪用公款给朝贵送礼，被告后削职为民。寓居在南京，在那里他结识了阮大铖。阮大铖因为是魏忠贤的干儿子，坐阉党被罢官。阮因为是逆党，无人理会他。只有马士英与其有往来。两人相交甚欢。
周延儒当上辅大臣后，阮大铖找到周，送给他很多银子，希望自己能出仕。周对阮说，我是被东林推荐出来的，你的名字在逆党名单里，不好办啊。阮大铖说，那让马士英出来做官吧。周同意帮忙。崇祯15年六月，经周延儒相助，马士英出来当上了兵部右侍郎兼右佥都御史，总督庐、凤等处军务。因此事，马一生都感激阮。马士英在征剿流寇方面颇有韬略，也立了些功劳。