不过陆军虽然遭到撤销，但另一方面，崇仁天皇却又看似不经意地在海军省下面新建了舰队部、航空部和陆战部，不但变相地重建了陆军，甚至还将独立的空军编制也建立了起来。海军方面一开始对此并未引起充分的重视，因为无论是航空部还是陆战部用的都是海军的人，但随着后来中日两国停战之后几十万没有血债在身、也无技术特长的日军、主要是日本陆军的战俘被释放回国后，情况很快就发生了变化
虽然日本海军陆战队在陆军遭到撤销后必须同时承担起国土防卫的责任，但由于日本是一个岛国，以目前日本海军的实力，陆上保留10万常备军已经足够了。但是年轻的崇仁天皇却对日本海军陆战队那渣得可以的战斗力很没信心，为此特地提出通过实战演习对其部队素质进行检验，结果海军陆战队被那些归国的陆军老兵打得落花流水，海军高层只得同意吸收这些战斗力明显更强的陆军老兵进入陆战队，此外即使是那些没被选上的归国老兵，崇仁也效仿赤色党的做法让政府为他们介绍乃至于直接安排工作，从而一举赢得了他们的拥戴。
不过值得一提的是，与以往日军只注重内部纪律不同，崇仁对于陆战队对外的军纪也提出了接近于解放军的严苛要求，这也是他从当年八路军和十五集团军广大指战员的身上学来的。这对往日无恶不作的旧日本陆军官兵来说并不是一件容易的事，但是由于陆战队的规模被控制在10万人上下，较之原来陆军的规模小了许多，按照十分之一的比例精选，一支纪律严明、官兵们能够有效约束自己**的陆战队还是能够建立起来的。而对于那些有过前科（有血债的基本都被解放军处决了，因此所谓的前科还不至于是无可救药。）但是军事素质确实出色的，崇仁也没有一竿子打死，与中国方面力争后被同意保留的20万预备役部队就是为他们准备的，只要他们能够改正昔日的恶习，那么陆战队的大门一直都会向他们敞开
不过，整肃军纪虽然是件好事，却也断了陆军（包括陆战队）最大的赚外快的路子，不可避免地引起了军官们的不满
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