不过，对于基层的日军官兵来说，战争期间就算是抢到了钱财、大头也会被上司拿走，因此崇仁只是适当地提高了陆战队基层官兵的薪俸待遇和武器装备水平（装备新式武器可以大大提高部队在战争中的生存率、并增大其建立军功的机会，某种意义上来说甚至比基本的薪俸更为官兵们所看重。），就迅速赢得了军心。而对于日军在战争期间的种种暴行，崇仁认为这固然因为以前的日军对此不够重视、甚至很多高级军官还对此加以纵容，但更根本的原因还在于日军那坑爹的后勤供应，使得基层的官兵不得不“就食于敌”、通过抢掠来获得补给，结果因此激起了占领区百姓的反抗，而日军出于报复往往会施加更大的暴行，形成了恶性循环，而在一次次的施暴后，原本最多仅有一小部分是野兽的日军开始普遍失去应有的人性，以致于很多日军官兵甚至将那些暴行视为了他们取乐的主要途径。因此潜意识里崇仁甚至有些感激解放军将日军当中那些彻底堕落的禽兽除去，否则他要想将积弊深重的日军改造过来，难度只会比现在大上百倍千倍。
基于这一历史的教训，崇仁对于部队的后勤工作给予了高度重视，虽然以日本的国力不可能做到美英等西方列强的程度，但比日本更穷的中国的解放军在后勤方面的成就却可以成为日军学习的榜样。而对于海军的后勤补给，崇仁同样给予了充分的重视。他利用美援仍未断绝、而中日之间也实现了和平的机会，从美国引进了自由轮和大型油轮的建造技术和一些必需的重型机械，并向包括中船重工（中福国际船舶重工集团的简称）在内的众多美国造船企业订购了大量商船应急。这些举措使得日本海军的远洋作战能力大大增强，如果不考虑海外基地的因素，日本海军已经迅速地超越了英国皇家海军，成为仅次于美国海军的世界第二强的远洋海军，当然这些都是后话了
大量陆军老兵进入海军陆战队后，由于海军陆战队原有的大部分官兵实在是不成器，崇仁又将实战演习作为军官升降的主要依据，结果陆战队的主导权很快就被那些原来陆军的精兵强将掌控了。而受此鼓励。航空部队的独立性也大大加强，几乎成了挂着海航之名的独立空军，以致于后来海军军令部为了避免失去对最精华的舰载机部队的主导权，而主动将大部分的陆基航空部队都分割了出去。崇仁天皇见时机已经成熟。便于不久之后正式宣布重建陆军并建立独立的空军编制
日本海军的大佬们自然对此很不高兴。但是他们毕竟不像陆军那样疯狂，见到崇仁威望日隆，终于还是以国家利益为重。选择了服从。而此后日本的三军之间固然不可避免地产生了各种各样的矛盾，但由于三角关系本就比双方对立更容易形成平衡，因此较之昔日陆海军互相拖后腿乃至多次发生内讧的情况还是好了许多
此外特别值得一提的是，崇仁即位后借用中国的一句古话“王子犯法，与庶民同罪。”，对载仁亲王、朝香宫鸠彦王等皇族战犯的罪行进行了追究，这一方面是为了满足中国人的要求以尽快达成和议，另一方面则是有着他个人的考虑，如果像载仁亲王这样在军界有着巨大号召力的皇族长辈还在，年轻的崇仁即便能够坐稳皇位，也很难有余力推行自己的一些主张。而力排众议将中国人恨之入骨的朝香宫鸠彦王送给中国人公审处决，则换回了原本被作为其替罪羊担负南京大屠杀主要责任的松井石根的性命（注1），虽然引来亲族之中的一片指责，却赢得了军方的衷心拥戴