但是日军的机群却和历史上一样没有轰炸珍珠港的海军船坞和军用油库，因为按照山口多闻的作战计划，首先必须摧毁瓦胡岛乃至整个夏威夷群岛的防空力量，包括机场和航母上的飞机，以及地面和军舰上的防空火炮、尤其是可以发射近炸引信炮弹的大口径高射炮，而射程较近的小口径高射炮则可以先放一放，因为它们所能控制的空域范围相对小得多，而且也够不着高空飞机的敌机。
在这样的要求下，仅仅比三艘航母遇袭稍晚一分多钟，瓦胡岛上的机场和部署有大口径高射炮的防空阵地也同样遭到了日军轰炸机的重点攻击，反应不及的美军几乎没来得及作出任何像样的反击，机场和地面的那些大口径高射炮就在敌人猛烈的空袭下全部失去了作用，而这个时候，港内航母以外的其他军舰也都已经遭到了日军的攻击。
由于第一波攻击时轰炸机携带的基本都是高爆炸弹，因此日军的轰炸机飞行员们很明智地将攻击的目标集中在了重巡以下的薄皮军舰身上，至于战列舰这样的大家伙，日军的轰炸机虽然也丢下了一些炸弹，但目的只是为了摧毁舰上威胁巨大的大口径高射炮，而不是要将这些战列舰炸沉，因为高爆炸弹除非当量大到一定程度，否则很难给战列舰造成致命的破坏。
可是日本海军的陆战队想要在瓦胡岛登陆，这几艘巨舰就非得击沉不可。对此山口多闻早有准备，此时已经潜入港内的日本袖珍潜艇就背负了这样的重任，而且第二波攻击的轰炸机当中也有相当一部分携带了重磅穿甲航弹......
停泊在整个战列舰群最外面的“加利福尼亚”号战列舰首先遭到了潜艇鱼雷的攻击，舰体陈旧的“加利福尼亚”号战列舰水下防御力和抗沉性都明显不如这几年列强先后入役的新式战列舰，侧弦被三条鱼雷击中后，“加利福尼亚”号战列舰很快就沉没了......
舰龄稍短的西弗吉尼亚号战列舰运气要好一些，在这轮攻击中只被一条鱼雷击中，本来并不致命（袖珍潜艇只能发射450mm口径的轻型鱼雷），但由于并非处于临战状态，水密舱没有完全关闭。致使海水不断涌入。舰体因此迅速下沉，好在停泊的位置水深较浅，最终搁浅在了港内。虽然没有完全沉没，但是严重倾斜的舰身以及所剩无几的人员都让这艘标准排水量超过3万吨的巨舰完全失去了作用......
而美国太平洋舰队的旗舰、也是舰龄最老的“宾夕法尼亚”号战列舰上虽然值班人员最多。但却不幸地被4条潜艇鱼雷先后命中。之前还刚被一枚1.8吨超重高爆航弹命中。舰体本就受创不轻，结果伤上加伤，挣扎着开动了几百米后就倾覆翻沉在了港内......
“宾夕法尼亚”号战列舰的姐妹舰“亚利桑那”号是最幸运的一艘。由于位置的关系，它在日本袖珍潜艇的攻击中没被一条鱼雷命中。但是好运并没持续多久，匆忙登上座舰的美军官兵们好不容易将这艘军舰发动起来，日军派出的第二波攻击机群就已经飞到了它的上空......