不过第一波攻击中日军的轰炸机几乎全都出动了，而为了给他们护航，战斗机也很自然地派出了大半，因此留下保护航母的加起来也就不到一百架。至于那些一开始被美军机群追着、后来却变成是追着美军机群的日军护航战斗机，随着燃油的不断消耗，所能起到的作用也已经十分有限了。不过令山口多闻稍稍安心的是，虽然战斗机可能不那么令人信赖，但是己方舰队总数多达五百余门的各种高射炮还是能够给予敌人以迎头痛击的
尼米兹认为日军舰艇的防空能力不强，并非完全没有根据，因为日军高射炮无论是大口径还是小口径的性能都并不比美军的同类高射炮出色，而数量却远不如美军，单舰高炮的平均数量就差了至少1/3，而舰艇总数更是远远无法与美军庞大的舰队相比，因此仅以火力密度而论，日军舰队顶多只有美军舰队的三成，称之为“很弱”并不算过分。
然而尼米兹不知道的是，日军的小口径近防火炮上现在都已经安装了技术来源于德国的陀螺瞄准具，射击精度较前提升了好几倍，而美国的盟国苏联虽然也掌握了这项技术，却因为视美国为最终对手的心态以及对美援迟到的不满而并没有转让给美国，因此在小口径高射炮方面，美军太平洋舰队其实并没有明显的优势。至于大口径高射炮，至少日军的近炸引信高射炮弹还能奇效，远比美国大口径高射炮沦落到只能换上榴弹来赌直接命中的那一点点小概率要强得多
结果，美军总数不过几百架的机群连一颗炸弹都还没丢下去，就已经损失了一百多架（其中有接近一半是两批日军战斗机的战果），更令美军准备不足的是，日军的大和级巨型航母或许抗沉性设计比不上美国航母，但毕竟块头摆在那里，远比美国人以为的要坚固得多
结果，先后有七八枚重量超过500公斤的高爆炸弹准确地命中了武藏号巨型航母，还有一条鱼雷命中目标，却依然只能令其失去战斗力，却没法将其炸沉，而它的姐妹舰大和号作为日军的旗舰，附近防空火力无比密集，对其发起攻击的美军轰炸机与护航战斗机如同天女散花一般不断被击落，却很难冲到它的上空俯冲投弹，而投射鱼雷前必须减速平飞一段时间的鱼雷机就更是如同送给敌人打的靶子一般损失惨重。虽然在美军飞行员们舍身忘死的努力下，先后有两枚重磅炸弹命中了大和号，但却只是给其庞大的舰体造成了一点有限的创伤，或许甲板受损会对飞机起降造成影响，也应该算是取得了一点战果，但距离美国人的期望，却还是差得太远了
注1：陆基机场起降能力比航母强得多，而此役又是早就准备好的伏击，因此事先中途岛机场上的飞机就尽可能地都换成了轰炸机，而且以零式重型俯冲轰炸机和携带鱼雷的水平轰炸机为主。由于它们对美军航母的威胁最大，因此更自然地遭到了美军防空火力和战斗机的重点攻击，所以损失率远比舰载机大得多，客观上减轻了日军舰载机的损失