此外，核爆炸遗留下来的放射性沾染还造成了不容忽视的二次灾害，在其后的二十年内，在此工作过和参与过灾后救援和重建的人们当中因为白血病等疾患早早离世的更是数不胜数
说起来多亏对合是人力完成，两块钚239的用量也并非精心设计，因而爆炸中“燃烧”很不充分，绝大部分钚239还没来得及参加核反应就被被炸飞了，以致于本来可以达到1万吨当量以上的核爆炸只炸出了1000多吨的当量，否则杀伤力还要大得多。
饶是如此，美国还是因为这次意外的核爆而蒙受了巨大的损失，其中光是直接经济损失就有数亿美元之多，当场死亡的人数多达3000人以上，另外还有2000多人在一个月内陆续死亡，而镇上的6000“居民”当中仅有不到100人活到了十年以后，参加救援而被放射线伤害导致提前过世的美军官兵人数更是无法统计。但超过700名优秀的科学家因此遇难，其中更有多名世界顶尖的大师级人物，才是最让罗斯福痛心的
说起来还多亏中医的养生观念提前传到了西方，每天坚持吃黑木耳让罗斯福的脑血管比历史上更具弹性而不易破裂，否则在这么大的打击下，他搞不好已经提前脑溢血发作丧命了，那样的话，后果就更是不堪设想了。
但不管怎样，美国的‘曼哈顿计划’还是受到了重挫，人员、实验器材、核燃料和部分资料的损失就已经相当大了，而且这次爆炸以后，这个国家实验室不可避免地得要另寻新址、同时必须制定更加严格的安保措施。这么多事耽搁下来，美国研究核武器的进度少说也得延缓一年，这不但令中国抢先造出原子弹的可能性大增，也让盟国与轴心国之间的战略平衡可以维持更久
而此事以及之前关于日裔的风波更在美国和日本之间激起了前所未有的巨大仇恨，双方政府之间再也没有了妥协的余地，只能一直打下去，直到一国撑不下去彻底认输，这对于坐山观虎斗的中国来说无疑是极其有利的，但造成这一切的王子才，却因为无人知道而彻底湮没在了历史的长河之中，胡卫东、加藤清源等少数几人隐约猜到了是他，但为了各自的国家利益，却全都不约而同地选择了沉默
经此一事过后，美国能否抢在德国之前造出原子弹都存有疑问，之前罗斯福期望能够靠它迅速结束战争的想法就更是没了可能，美国只得将胜利的希望完全寄托于常规战争。
虽然现在美国人最恨的是日本，然而太平洋制海权的失去令美国失去了对日反击的能力，只有等到44年大批新航母下水并形成战斗力以后才行。
而在此之前，美国只得集中力量援英抗德，不过出于对德国陆军的恐惧以及之前北非战场的教训，罗斯福没有急于开辟第二战场，而选择了继续此前已经显现出威力的战略轰炸，以削弱德国的工业来铺平反攻的道路，然而罗斯福却很快就发现事情并不像他想象的那么顺利