在这次朝会后的第二天，朝廷正式发布了太子李贤谋逆被抓获，并对其处理的诏令。
诏令中宣布，除李贤的太子位，废其为庶人，剥夺一些职爵，禁于宫中；改立英王李显为太子，并大赦天下。
这份诏令中的意思已经是武则天退让的结果了，最初她是要“杀”李贤的，后来也是准备将李贤流放至岭南，但李治不同意。李治原本是想将李贤降为郡王，这意见武则天不同意，最后李治只能屈服。可以说是诏令中的意思是两人各退了几步的结果，这样的处理意见让李治非常的难过，很受打击，再次卧床不起了，武则天却是精神饱满地处理起李贤谋逆的善后事宜来。
李贤被废，没任何根基的李显当了太子，李治又卧床不起，很多大臣们又全都战战兢兢中，生怕李贤的事牵连到自己，武则天做起事来顺手顺脚了。
从东宫搜出来的数百件武器甲胄被运往人流最密集的西市当众焚毁，并将焚毁的原因以布告的形式张贴在长安城内各往，武则天就是要让普天之下的人都看清楚和她作对会有什么样的下场。
李贤身边的近臣非常多，大多都是反对武则天干政的，原本她就对这些人非常看不顺眼，借着李贤谋逆的机会，武则天借机发动清洗，所有曾和她不合的宰相及其他重臣无不波及。
太子心腹，位列政事堂的左庶子、检校中书令张大安首先被重处。左庶子、检校中书令的位置自然不保。被革了职，并被降了爵位后，张大安再遭流放，贬为普州刺史。
因李贤谋反未成形，对其仆从者的处罚也相对轻一点，像张大安这样的大臣，是不会处以极刑了，要是谋反开始付诸行动了就不一样，就如李承乾时那样，作为主要仆从者侯君集就被杀了。
尚书右仆射兼太子宾客戴至德也被罢相，降职为户部侍郎。戴至德是贞观时候的名相戴胄之后，生怕耿直，为官清廉，在任时候做出了许多让人称道的政绩，这也是他能继续在朝中任高官的重要原因，但不再位列政事堂，在朝中的发言权大大地下降了。
同情李贤，曾在朝会上为李贤求情、并私下议论过此事的郝处俊罢政事，只任太子少保。
同样不希望重责李贤的李义琰被迫辞相，并申请致仕，告老还乡。
侍中张文瓘也被免了宰相位，但因为其名声非常不错，多年以来为官的政绩也不俗，在此次李贤谋逆的事件中并没什么参与进去，罪责不大，改任其为大理寺卿。
参加审查此案的高知周虽然没有被涉及，但因为内疚，随后就提出了辞呈，告老还乡去了。
积极参与太子谋逆之事的太子洗马刘讷言被流振州，而赵道生等人则被斩首示众。
太子李贤交游广阔，王公大臣中好友众多，这些人也都逃不过武则天的报复清洗。
曹王李明、蒋王李炜、东阳公主，乃至一众开国功臣的后人都被牵连进来，全部流放出京。
曹王李明、蒋王李炜都是李治的弟弟，其中曹王李明因与李贤过于亲密，在担心留有后患的武则天逼近下，自杀身亡。说来曹王李明还是武则天表姐巢剌王妃杨氏唯一的儿子，武则天此举也算是将大义灭亲做到了极致，丝毫不顾及什么“亲戚之情”。
蒋王李炜被降封为零陵王，贬至黔州，就是后来贵州那地方。
东阳长公主是李世民的第九女，下嫁高士廉之子高履行，因为长孙无忌之案，东阳公主已经被处罚过一次，此次因为高家再次被牵到李贤的案中，被剥夺邑封，和两个儿子徙置巫州。