因为知晓历史上的孙承宗是自杀殉国的结局，朱由校也就没有把他同其他东林党官员一样缉拿进大牢。
但为了彰显自己的帝王威严，还是将他软禁在家中，暂停一切职务。
因此，孙承宗的家门前到现在也还站着两排东厂番子，等朱由校来到他家门前时，就恰巧看见这一幕，便笑问道：“孙先生，锁在深院里的感觉不好受吧。”
“还好，王公公亲自给罪臣了派好几条看门狗，至少无性命之忧。”
目睹无数朝中同僚好友被害，孙承宗自然不敢对朱由校有半点怨言，但却不妨碍他对朱由校的打手王承恩进行明嘲暗讽。
朱由校倒也乐得见这两人斗嘴，要是内臣与外臣相契合对他这个独裁帝王而言反而是一种不好的现象。
自己的祖父万历皇帝之所以对张居正的报复那么重，何尝没有张居正和冯保联合压制了他皇权的因素。
“那你得感谢感谢他”，朱由校也不由得插科打诨了一句，见这孙承宗堂堂大学士，官居一品，但宅邸却不过是一小小的二进院子，院子天井旁的花园地都被开辟成了菜地，还养了鸡鸭，走进屋内一看，也就一老妇在里面织布，心里倒也对孙承宗多了几分好感。
那老妇见朱由校等人进来，便忙要起身行礼。
朱由校忙制止了她的大礼，问孙承宗：“这位是？”
“贱内何氏”，孙承宗说回了一句，朱由校忙道：“原来是师母”，便也欠了欠身，张嫣也跟着上来行礼，吩咐随身侍女去将礼物拿来。
一时进了孙承宗的书房，朱由校才摆出帝王的架子来，一口吹着热茶，冷声问道：”孙承宗，你可知罪？“
“罪臣知罪，害陛下陷于危境，罪当万死！”孙承宗忙起身朝朱由校作揖，并将一直摆放在大桌上的乌纱帽端到了朱由校面前。
“戴上吧，朕不是暴君，不到万不得已，朕是不会将自己的老师治死罪的”。
朱由校说着就亲自起身，将孙承宗手里的乌纱帽接过来戴在了孙承宗的头上，见他满鬓尽染白霜，便叹道：
“先生老啦，一时不察，被下面的人蛊惑也是情有可原，这中枢内阁，你是不能再待了，如今秦晋陇三地旱情颇重，当地官员数次来报，潼关之内都满是流民，再加上边镇文臣武将克扣军饷甚为严重，致使发生无数士兵哗变；
所以，朕想让先生您挂兵部尚书兼右都御史衔，总制三边军粮与响银，一是赈济灾民，收拢流民，二是安抚士兵，惩治不法官吏；以先生之威望定能替朕安抚三地，使朕无后顾之忧，三地军民无衣食指愁，不知先生以为如何？“
从内阁大学士降调为三边总制，孙承宗心里倒也没什么不满，他也宁愿统兵一方，为大明立下汗马功劳。