南京城此时已是一座空城，市民和工厂早已撤退，只剩下留守部队。张治中调整部署后，各部队连夜行动，迅速过江撤退。由于提前在浦口搭建了浮桥，加上轮船，部队撤离的井井有条。
主力撤退后，张治中连夜视察了留守南京的戴之奇103师的通济门、武定门、光华门、中山门阵地，接着又视察了霍守义112师和平门、玄武门、太平门阵地，勉励他们奋勇杀敌，务必在南京城内与敌巷战一天，待88师、87师痛击敌敌六师团先头部队得手后，与坚守紫金山的教导总队二旅三团一起撤退。
三个人又认真研究了守城巷战战术，张治中要求部队坚决不与敌死拼，而是牢牢守住一个“缠”字，大打刘一民所说的城市游击战，充分利用南京城坚固的房屋、工事、供水管道，与敌缠斗。原则是积极主动出击，让敌人进了南京城后，到处挨打，摸不清我军虚实，不敢快速前进。只要坚守到晚上，等88师、87师撤退后就可迅速撤退。
为了便于指挥，张治中指定霍守义为守城指挥官，戴之奇为副指挥官，统一指挥两师行动，并让他们立即与88师、87师和教导总队二旅三团建立联系。
103师代师长戴之奇提出部队装备太差，请总指挥补充一些自动火器和手榴弹，炸药包。112师师长霍守义也提出需要补充弹药。
这一说提醒了张治中，既然主力撤走了，仅凭这两个师是守不住城门的，与其这样，不如让工兵在城门口埋设足够的炸药，关键时候引爆，既可以大量杀伤敌人，又能掩护部队从容撤退。
想想刘一民打仗，从来都是大炮、机枪、手榴弹、地雷、炸药包齐上阵，把敌人炸得晕晕乎乎，张治中马上命令总部工兵团连夜在几个城门和市内主干道上埋设炸药，让戴之奇和霍守义派小部队专门负责配合工兵引爆，让日本鬼子尝尝坐飞机的滋味。
至于两个师要求补充的武器弹药，更没有问题，敞开供应。
安排妥当后，张治中握着霍守义和戴之奇的手说：“二位老弟，这南京城已是空城，我军并无必要坚守，只要我们将主力运动到合适位置，就可以对日军起到威慑作用，在战略上保持主动。因此，二位不要恋战。特别是日军攻来时，城墙一线打退敌人第一波进攻后，部队要撤下来，不能做敌人飞机大炮的靶子。你们放心打，南京这么大，如果独立自主打巷战的话，坚守几天都没问题。但是，我不允许你们那么做。我要的是在南京打击一下日军的嚣张气焰，然后就在晚上迅速撤出。我本人会一直在江对岸浮桥边等候，一直等到你们撤完为止。”
见两个师长都是信心十足，张治中终于放心。
然后，张治中又赶到88师和87师，亲自与王敬久、孙元良、萧山令一起连夜勘探地形，要求萧山令的三个宪兵团固守雨花台、中华门、水西门、汉西门正面阵地，利用宪兵对南京地形熟的优势，派出一个营，节节袭扰阻击日军，将日军先头部队往主力包围圈引。88师和87师全部在两翼隐蔽待命，等第六师团先头部队进入包围圈后，全军杀出，力求全歼。如不能全歼，击溃也行。而后主力迅速撤退，留三个宪兵团坚守至晚上，撤退过江。必要时，可以将敌引进市区巷战，但晚上必须与担任巷战任务的霍守义、戴之奇联系，乘夜色掩护，撤出南京。
考虑到87师、88师和宪兵部队分属不同系统，指挥不易，容易为敌人所趁，张治中决定亲自留下指挥。这个决定遭到王敬久、孙元良和萧山令的一致反对，最后决定以王敬久为雨花台一线的总指挥。张治中走的时候，谆谆告诫三个人，见好就收，以后有的是打鬼子的机会，关键是要把部队安全撤过江，这南京我们早晚是要回来的。
日军第九师团师团长吉住良辅中将接到河作一男大佐请求战术指导的电报后，大吃一惊，在他的印象里，中**队早已成了惊弓之鸟，怎么突然转性了，敢围歼精锐的第七联队了。所以，他马上命令部队快速增援。直到接到了河作一男大佐的诀别电，吉住良辅中将才知道大事不好，第七联队掉进中**队的陷坑里了。这下，吉住良辅中将坐不住了，亲自督率全师团，向淳化镇杀来。
到了淳化镇一看，吉住良辅的鼻子都气歪了，第七联队的士兵零零散散、横七竖八地躺在地上，连一个出气的都没有了，连坦克和装甲车也都被烧的面目全非。找了半天才算找着一个可能是河作一男大佐的尸体。因为没有头，也没有了肩章，从军服上判断应该是河作一男大佐。
看过战场后，吉住良辅很快就得出了结论，导致第七联队全体玉碎的，是中**队的精锐部队。否则，以第七联队构筑的阵地，加上超群的战斗力，敌人无论如何是不能再这么短的时间内，将第七联队全歼的。
吉住良辅中将马上就要发作，恨不得现在就杀入南京，找中**队报仇。可是看了看黑幽幽的夜空，吉住良辅中将还是打消了这个念头，想想中**队的教导师是怎么干掉第五师团主力和察哈尔派遣兵团的，吉住良辅就忍住了冲动，决定部队就地宿营，等天亮后，联系上航空兵和其它友邻部队，再行攻击。
第六旅团旅团长秋山义允少将对师团长阁下的决定不服，要求师团长准许他率领旅团直属部队和35步兵联队马上发起追击，追上支那部队，为第七联队阵亡的勇士们报仇。
吉住良辅中将看了看秋山义允少将，告诉他稍安勿躁，明天让他率领第35联队做主攻，务必攻到南京城下，最好能一举破城。
秋山义允少将这才哈伊一声，嘴里嘟嘟囔囔地退下去宿营了。
谁也没有想到，第二天的战斗，是从距离南京30里的乌龙山炮台开始的。