中途岛海战拉开序幕后，基本上和历史上中途岛海战没有两样，美军胜在早有准备，日军胜在舰载机飞行员的作战经验丰富，两军这一交手，开始的时候竟然打了个旗鼓相当。
日军偷袭中途岛的第一波攻击机群带队指挥官投完炸弹准备返航的时候，不得不向南云忠一报告需要第二次轰炸，这个时候是早上7点钟；仅仅5分钟后，从中途岛起飞的10架美军鱼雷轰炸机就抵达了日军机动编队的上空，开始攻击，同样没有见功，10架鱼雷轰炸机被日军机动编队担任空中警戒的零式战斗机击毁7架，只有3架成功脱逃。
友永丈市大尉的报告，加上中途岛飞来的美军轰炸机的拼死攻击，让南云忠一相信中途岛美军仍然有强大战斗力。于是，南云忠一下令赤城号、加贺号航母甲板上已经装载好准备攻击美军航母编队的鱼雷的战机推入机库，改装高爆炸弹，准备对中途岛进行第二波轰击。
赤城号、加贺号甲板上的日军忙碌开了！
实际上，这个时候200海里外的美军第16特混舰队的企业号航母、大黄蜂号航母起飞的117架战机已经升空，向日军机动编队扑来了。
南云忠一不明就里，依然站在旗舰的指挥台边，两眼直盯着中途岛方向，准备一旦赤城号、加贺号上的舰载机完成换装高爆弹作业，就下令起飞对中途岛实施第二波攻击。
从偷袭海参威到偷袭珍珠港再到攻占东南亚，日本海军联合舰队用偷袭战法赚了个盆满钵溢。直到珊瑚海之战，日军才开始品尝到舰载机对攻的可怕苦果。南云忠一和山本五十六一样，急于消灭美军太平洋舰队的航母编队，但是他现在还没有接到由潜艇组成的先遣侦察编队和侦察机发现美军航母编队的报告，完全可以放手对中途岛实施第二波攻击，等友永丈市大尉率领的第一波攻击编队返回母舰后，可以立即装载鱼雷，执行对可能出现的美军航母编队攻击任务。
南云忠一此时自以为胜券在握，异常冷静，面色严峻，装的就象个决胜千里的名将一样。
距离南云忠一下令赤城号、加贺号甲板上的舰载机写下鱼雷、改装高爆航空炸弹仅仅过了24分钟，7点半，从重型巡洋舰利根号推迟半小时起飞的一架侦察机终于在距离中途岛240海里的大洋上发现了10艘美**舰。南云忠一闻惊不乱，当即命令该侦察机继续查明敌人舰队是否拥有航空母舰，同时命令暂停对鱼雷机的换弹。
赤城号、加贺号上的日军被南云忠一的朝令夕改弄得异常忙乱，但是这些一心为天皇陛下建功立业的日军官兵没有怨言，而是马上执行司令官的命令，暂时停止了对鱼雷机换装高爆炸弹的工作。
此时此刻，没人能洞悉南云忠一的心情，不知道他是心存焦虑呢，还是真的象他表现出来的那样淡然若水，反正是机动编队都在等候他的命令呢！
侦察机还没有发回准确的报告，空袭警报却再一次响起。从中途岛上起飞的第二波40多架美军轰炸机扑了过来，其中就有美军的空中堡垒b17轰炸机。南云忠一果断命令担任空中警戒的零号战斗机消灭美军轰炸机。
炸弹在爆炸，日军为航母护航的防空火力在猛烈开火，日军航母在做规避动作，战场上的气氛一下子紧张起来。
美军轰炸机没有战斗机护航，空中堡垒b17又不能俯冲轰炸，日军的零式战斗机在此时放眼全世界仍然是先进的。激战结果是美军40多架轰炸机竟没有一枚鱼雷或一颗炸弹击中任何一艘日舰，被零式战斗机击退。
眼看着美军轰炸机的炸弹在海面上坠落、爆炸，南云忠一只是偶尔皱一下眉头，并没有多话。直到美军轰炸机群被零式战斗机击退，南云忠一的脸上才浮现出了一丝笑容。
喜事总是一桩接一桩的，刚刚击退美军中途岛飞来的岸基轰炸机群，8点15分，南云忠一就接到了侦察机的报告，美军舰队里确实有航母的存在。
攻击中途岛最重要的目的就是寻歼美军航母编队。这一接到发现美军航母的报告，南云忠一当即下令各舰停止给舰载机装高爆炸弹，飞机送回机库重新改装鱼雷。
公平的说，到此为止，南云忠一的指挥没有什么错误。问题是他这样一会儿换鱼雷、一会儿换炸弹，把航母上的日军弄混乱了，小鬼子们为了争取时间，把从飞机上卸下的炸弹直接堆放到了甲板上。想想吧，万一此时美军轰炸机赶到，只要能命中甲板，那会是一种什么结果？
上帝欲使其灭亡，必先使其疯狂！这句话用在航母对决上，应该改一下，那就是上帝欲使其灭亡，必先使其混乱！
日军的混乱还在持续。这个时候，攻击中途岛的第一波飞机回来了，急需降落，担任空中警戒的战斗机也需要马上降落加油！
南云忠一犯难了，他如果命令第二波攻击编队起飞去轰炸美军航母的话，飞机跑道就会被占用，从中途岛完成任务回来的飞机就得全部掉进水里。这个损失太大，日本海军已经承受不起了，他们太缺乏补充飞机了。而且，第二波攻击编队尚未完成换装鱼雷作业，就是起飞，也没有战斗机护航。
第二航空母舰战队司令山口海军少将是各狠货，为了目的不计后果，他向南云忠一建议“立即命令攻击部队起飞”。
这是明显要放弃从中途岛回来的邮箱空空的飞机了，南云忠一当然不能答应，他决定把攻击时间推迟，首先收回空袭中途岛和拦截美军轰炸机的飞机，然后重新组织部队以进攻美军特混舰队。