第二次大屠杀发生在1639年，大屠杀扩大到了整个吕宋岛，致使吕宋岛华侨基本上绝灭了，全菲遇难华侨共达22000一24000人。“有几条河里的水被尸体污染得不能食用达6个月之久，（马尼拉）周围许多里格以内，河里的鱼是吃人肉长肥了的，所以人们连鱼也不能吃”。
林三凤是知道西班牙人的残暴的，所以他知道信被西班牙人发现后自己是必死的。唯一的念想，是希望不要连累到自己的家人。
弗朗西斯科看也不看林三凤，而是端起了自己的茶杯喝了一口红茶。
“李植势不可挡，马尼拉的华人蠢蠢欲动，都想李植攻到马尼拉来。我们不能让知道我们底细的华人继续在吕宋生活。”
“杀了吧，出动我们的卫士，将黄皮肤的华人全部杀光。”
林三凤眼睛一瞪，几乎不相信自己听到的话。
弗朗西斯科旁边的西班牙军官们对视了一眼，都十分地兴奋。对于西班牙殖民者来说，东南亚的土著绝对的落后，随时可以灭绝。但是华人手工艺技术先进，甚至同样会操船操炮，素来被他们视为竞争者
更可恨的是华人比西班牙人到达吕宋更早，有些华人甚至视西班牙人为外来者。
西班牙人的军官们早就想再对人口日盛一日的华人再来一场大屠杀了。
跪在地上的林三凤惊得瞠目结舌。他浑身猛烈地战栗着，猛地往前爬了一步抓着弗朗西斯科皮靴，结结巴巴地说道：“不…不可以…那是几万条人命啊…我们汉人为西班牙人服务，做牛做马，怎么能又杀光我们？”
“怎么能又杀光我们？”
弗朗西斯科看到林三凤触碰自己的皮靴，似乎觉得这个黄种人弄脏了自己的靴子，有些恼怒地走开了。他朝两边的侍卫挥了挥手，侍卫将林三凤拖了下去。
弗朗西斯科看到中国人林三凤被拖走，才舒了一口气，似乎觉得办公室里的空气都清新了许多。
“屠杀就从今天开始吧！你们都带兵出去吧！”
办公室中的西班牙军官们兴奋地答应下来，摁着腰上的佩剑冲了出去。
在军官的指挥下，西班牙的士兵们高喊口号，从一个个军营中走了出来。
很快，马尼拉城中就响起了惨绝人寰的惨叫声。熊熊大火在马尼拉的华人聚集区“八连”燃烧起来，一队一队全副武装的西班牙士兵开始在八连杀戮中国人，抢劫中国人的财物，烧毁中国人的中式住宅。
到处都是中国人的惨叫声。妇女和儿童在血和火焰之间光着脚逃亡躲避，却躲不过西班牙人的刀剑和火绳枪。荷枪实弹的士兵们朝那些手无寸铁的中国百姓射一顿子弹，然后就拔出长刀进行血腥的冲锋。
血腥味越来越浓重，惨叫声却越来越微弱。大屠杀持续了一个下午，然后整个马尼拉渐渐安静下来，只剩下继续燃烧的大火和遍布街头巷尾的华人尸体。
弗朗西斯科举着他的红茶茶杯，站在办公室的窗口看着八连的大火和浓烟。
杀光了明国人，弗朗西斯科觉得这马尼拉顿时安全了许多。