猩红女巫和快银也选择了离开，重新回到了刑风的隐匿之地。
剩下的猎鹰、冬兵等人，也没有接受弗瑞局长的挽留，消失于民众的视野中，没人知道他们的去向。
最终依旧留在神盾局里的人，只剩下美国队长和鹰眼。
然而，神盾军已经名存实亡，复仇者联盟也只剩下两个孤寡壮汉，可弗瑞局长不想就这么消沉下去，正义感强烈的美国队长同样不想如此。
他们依旧坚守自己的初心，哪怕民众再怎么不认可，依旧要守护这片大地。
于是，从政府拿不到经费的弗瑞，找到了富可敌国的钢铁侠，托尼本就愧疚于上一次的战争，毫不犹豫的出巨资建了新的复仇者联盟基地。
并且投入了大量来自寰宇集团，在这个世界妥妥是黑科技的技术，打造了一个绝对属于全球最顶级的军事基地。
这也算是托尼斯塔克，为自己曾经犯下的错误所做的自我救赎。
基地的事情由弗瑞局长搞定了，剩下的就是重新组建复仇者联盟，这件事就落到了美国队长身上。
美国队长不仅有着最强翘灬臀，这口才也强得一批。
在美国队长的亲自游梭说服下，离开的猎鹰、战争机器、幻视等人，成了第1批加入的新复仇者联盟成员。
随后，离开前留下了联系电话的猩红女巫和快银，也在美国队长一天10个电话的轰炸下，通过不厌其烦的刑风许可，同样加入到了新复仇者联盟。
然而，新基地和新复仇者联盟有了，可上一次战争的影响还在发酵。
民众对于超级英雄不再追捧，反而恐慌情绪达到了极点，政府也在民众们整天的抗议游行之下，开始针对这些超级英雄们制定特别政策。
在这个制定的过程中，钢铁侠托尼喜获一个蜘蛛侠儿子，纽约市也出现了一位新的平民英雄。
他就是蚁人！
在上世纪80年代，斯塔克的父亲忙着研究魔方时，另一位名叫汉克皮姆的博士，研究出了一种能够改变物体大小，不管是人还是物品的神奇粒子。
并将这种神奇粒子，取名为皮姆粒子。
他和同为神盾科学家的老婆珍妮特，通过这种奇特的皮姆粒子，化身成为了初代蚁人和黄蜂女。
这种粒子能够将他们的身体缩小，神不知鬼不觉的执行任务。
不过，皮姆粒子的使用并不是没有任何限制，它有着禁忌的一面，那就是绝对不能将身体缩小到亚原子级别。
否则的话，使用者将会被困在一个无限混沌的时空禁区，上天无路入地无门。
这片时空禁区，就是量子领域！
至于地球上爆发了如此多的战争，第1代蚁人和黄蜂女都没有出现，就是因为这个量子领域导致的。
在一次拆除核弹的任务中，第一代黄蜂女珍妮特为了拆掉核弹，避免核爆炸带来的恐怖灾难，毅然决然的将自己缩小到了亚原子级别。
通过这种禁忌级的缩小，她成功穿透了核弹外壳，从内部解决了核弹危机。
可这也导致了恶劣后果，第1代黄蜂女被永远的困在了量子领域之中，30多年来至今杳无音讯。
第1代蚁人皮姆博士失去了老婆，英雄梦遭受沉重打击，就此不再做“英雄”。
而在30多年后的今天，年事已高的皮姆博士，他自己抗拒使用皮姆粒子，可又不想这种技术后继无人，于是找了一个自认为很不错的学生，就此迎来了一个新的烦恼。
他的这个学生确实很聪明，可惜没有忍受住金钱的诱惑。
这个学生背着皮姆博士，利用皮姆粒子复制出了黄蜂战甲，企图将这种战甲量产投入市场，通过军火牟取暴利。
皮姆博士对学生大发战争财的行为，自然是120个不乐意。
可惜他此时已经老胳膊老腿，已经经不起战斗的折腾，无法亲自清理门户，于是找到了一个年轻的神偷——
斯科特·朗！
既然打不过，那就偷！
用蚂蚁将蚁人战衣送进监狱里，将斯科特救出来继承他的衣钵，成为继他之后的第二代蚁人。
然后去将逆徒的手中，将还没有开始量产的黄蜂战衣原件给偷回来。
在皮姆博士的调教下，本就是神偷身轻手巧的斯科特，很快便掌握了皮姆粒子的正确使用方法。
甚至意外独闯了新复联基地，与猎鹰大战了一场。
顺带还在这段学习的过程中，勾搭上了皮姆博士的女儿霍普，两人之间摩擦出了火热的爱情之花。
最终，化身蚁人的斯科特，与身穿黄蜂战衣的逆徒师兄，展开了一场师兄弟之间的“小人儿”对决。
在战斗中，年轻气盛的斯科特不过皮姆博士的劝阻，擅自缩小到了亚原子形态，成功破坏掉了黄蜂战衣。
虽然顺利击败了逆徒师兄，可同时自己也被困在了那片的量子领域。
好在做贼出身的斯科特，秉持着盗贼的做事留一手，随身带了一枚可以巨大化的芯片，得以顺利从量子领域重返人间。
然而，令他万万没想到的是，他虽然逃出了量子领域，却没能逃过内战之后“波及”的牢狱之灾。
为了平息索科维亚的惨案，以及斯塔克制造出奥创带来的灾难，所形成的愈演愈烈的舆论压力，同时也是为了约束这群不服管教的超能力者。
站在普通人角度的各国高层，在联合国共同发起了科索维亚法案。
明文强制规定复仇者联盟，必须接受联合国管辖，同时还要实名注册，时时刻刻接受联合国的监督。
此法案一出，所有人都忘记了复仇者联盟，曾经为了保护地球所做出的付出。
全球一共有117个国家，一致响应这道科索维亚法案，同意将这群非人类纳入他们普通人类的管辖中。
而在这个重要的关头，某些人在暗中推了一手，将极力赞同法案的瓦坎达国王特查卡给炸死了。
普通人和超级英雄之间的矛盾，就此激烈到不可能再平和。
然而复仇者联盟内部的看法，此时却不尽相同。
其中性格我行我素的钢铁侠，或许是愧疚于上次的战争，又或者是别的原因，在明知道原剧情的情况下，竟然还一反常态成为了服从注册派的领头人。
而美国队长活了近百年，见识到了上层权贵的丑恶嘴脸。
他虽然坚持为了正义而战，为了拯救全人类可以牺牲自己，但是他不愿意接受任何人的束缚，成为绑着镣铐的警犬，站在了对立面成为了反抗自由派。
随着矛盾的愈演愈烈，美国队长和托尼从一开始的意见不合，逐步恶化为各地山头兵戎相见。
就此，所有的超能力者就此分裂！
而这其中有一名叫泽莫的特种兵，为了给丧生于索科维亚的家人报仇，特意在暗中煽风点火。
将瓦坎达国王之死栽赃给冬兵，导致为父寻仇的特查拉，身穿战袍化身为新的英雄黑豹，就此加入这混乱的战局，站在了美国队长的对立面。
因为他要杀的仇人冬兵，属于美国队长的阵营。
事情发展到这个阶段，钢铁侠一派和美国队长一派，旗下的支持者已经稳定，战斗不可逆转的爆发。
最终这场内战的结局，虽然以猩红女巫、快银、蜘蛛侠等人为主力的注册派，获得了微弱的优势。
反抗自由派的美国队长，因为人手上的不足，加上实力上也有差距，在内战后失去了主动权，被政府正式通缉。