他第一把火就烧向了1886年就开始实施，已存在半个多世纪的《镇守府条例》，一口气撤销了横须贺、吴、佐世保、舞鹤四大镇守府（舞鹤镇守府曾在1923年降格为要港部，1939年恢复，实力比较弱），全新组建了帝国海军本土战区，各镇守府长官也随即全部下岗。随后，原舰队派骨干、第二舰队提督近藤信竹大将出任本土战区司令长官，宇垣缠担任参谋长，其他岗位在4大镇守府中筛选合适官员进行出任。
简而言之，新组建的帝国本土战区主要划分为整备与作战两大职能，前者是负责舰艇整备补给、新入役舰艇编组、舰员（陆战队）训练、港务航道、各海军机关学校管理等，后者是负责统一指挥驻扎本土的航空队、海上护卫队（水面舰艇和水下舰艇两类）、特攻战队、陆战队、警备队、海兵团等执行防御任务。换而言之，本土战区辖有一切归属于海军的本土作战力量，水面、水上、空中、陆战队、警备队、港口要塞、雷达基地都一体化指挥，但只负责防御职能（进攻职能归属于联合舰队所有）和维护补给职能（主要针对联合舰队）。
改革中还取消了滑稽可笑的舰艇和兵员镇守府归属地限制，海军可进行混乱编组，类似于“吴之雪风、佐世保之时雨”今后将变成回忆。更要紧的是，在原镇守府条例中，镇守府司令长官规定直接隶属于天皇，在军政事务上接受海军大臣领导，在军令事务上接受军令部总长领导。但在改革后，本土战区司令长官和联合舰队司令长官并级，改成隶属于海军枢密使领导，军政、军令事务依然分别归属于海军大臣和军令部总长领导。
这就让各方进一步明确：今后天皇只能抓到枢密使、海军大臣、军令部总长这一级，顶多再加上咨询角色的军事参议官，不能再越过他们直接抓战区长官或联合舰队司令长官，这就等于把天皇的海军指挥权砍掉九成以上，堀悌吉成为名副其实的海军第一人。
原横须贺镇守府长官、海军大将古贺峰一被任命为天皇侍从长，原横须贺镇守府长官、同时也是堀悌吉、山本五十六同期同学的吉田善吾海军大将转任首席军事参议官（不仅算航空派，还难得地赞同堀悌吉的思路），原吴镇守府长官、一直对改革持有反对意见的加藤隆义大将转入预备役，原舞鹤镇守府司令长官（因规模小、地位低，一般只是中将）、与井上成美同期的海军中将大川内傳七转任海军兵学校校长。
这样一来，32期以前的海军将领全部转入预备役，32期只有他、山本五十六和吉田善吾三名现役大将，其余将领也全部退役，随着35期的高须四郎被任命为南洋战区司令长官后，后面33、34、35各期已无将领在联合舰队任职（事实上这三期除极少数例外，已全部退役），堀悌吉之后，联合舰队资格最老的提督变成了36期的冢原二四三，而37期又有呼声最高的小泽治三郎，这就为重新编组联合舰队，真正将作战重心从战列舰部队转为航空母舰部队创造了制度条件。
不过，日本海军这些翻天覆地的变化显然还不被外界所知悉，起码在参联会主席、总统参谋长李海上将和约翰普金斯悄然抵达医院探望病重住院的罗斯福时还未曾提及。
与一个多月前比较起来，罗斯福的气色明显好了很多，各项身体机能也恢复得比较理想，在与两人进行长时间谈话和交流时保持着一致的思维清晰与逻辑连贯。纽芬兰战役初期，一直等待好消息的罗斯福显然经受不了连续失利的刺激，但到了后期，特别是坎宁安用杀敌500，自损1000的战术拼个两败俱伤之后，罗斯福反而恢复过来了，他冷静地思考了整个局面，认为就目前的态势而言，坎宁安的消耗战术居然是唯一可行的方针——纽芬兰、佛得角战役后，损失很大的德国舰队不就不能维持英加航线的高压态势了么？
其实一周前，他的身体就足以支撑他复出*****但罗斯福微笑着拒绝了，他要看一看华莱士的施政手段，但现在的实际无疑让他失望了……