随着时间的推移，李世民的身体也终于慢慢的恢复了，而李承乾谋反案也终于开始正式的处理，赵节、杜荷、李元昌等人尽皆判处死罪，其中杜荷还是李世民的准女婿，而且他的父亲杜如晦也是李世民最得力的助手，又刚刚去世，本来李世民是不想判杜荷死罪的，奈何很多大臣都坚决反对，最后李世民也只得判了杜荷死罪，至于公主则另寻驸马。
除了杜荷之外，另外还有一个更让李世民为难的人，那就是侯君集，虽然对方背叛了自己，但李世民却是个极重感情的人，又想到侯君集曾经为大唐立下过不少的汗马功劳，现在让他下令杀了侯君集，一时间他也狠不下这个心。
不过侯君集毕竟犯了十恶不赦之罪，就算李世民不想杀他，下面的群臣也不会答应，特别是平时侯君集为人尖刻、胸襟狭窄，曾经得罪过不少人，比如他曾经跟着李靖学习过兵法，结果私下里竟然向李世民告状，说李靖在兵法上留一手不肯教给自己，结果这件事让李靖知道后，从此对侯君集也是厌恶之极。
以前侯君集身为开国功臣，又十分受李世民的器重，所以别人也拿他没办法，可是现在侯君集成为阶下之囚，立刻有不少人落井下石，强烈要求判处侯君集死罪，最后李世民也没办法，毕竟他连自己的女婿都杀了，也不可能单独饶了侯君集，只能同样判了他死罪。
不过在处死侯君集的当晚，李世民却特别出宫去了大理寺，亲自探望了一下侯君集，据说侯君集在死前也恳请李世民饶过自己的妻子儿女，对此李世民也答应了，毕竟按照律法，像谋反这种的重罪，连家人都会受到牵连，轻则抄家，重则满门抄斩。
就在李世民探望过侯君集的第二天，赵节、杜荷与侯君集全都被处斩，至于侯君集的家人，则按照侯君集的意思迁移到南方居住，注意是迁移不是流放，这点与崔干的家人有着天壤之别，李世民甚至还派人护送侯君集的家人离开长安。
侯君集之所以让家人去南方，其实是出于无奈，因为他知道自己得罪的人太多，如果自己死后家人还留在长安，恐怕会受到更多的打击，所以还不如走的远远的，南方正是一个不错的去处。
之前在杜荷和侯君集等人的生死上，大唐的群臣一个个都是吵的不可开交，但是等到这些人被处死后，只剩下李承乾这个主犯的生死还没有决定时，这些大臣却全都闭上嘴巴装哑巴了，谁也不敢对如何处置李承乾发表任何看法。
其实也不怪这些大臣们不开口，因为对于如何处置李承乾这件事他们也是左右为难，如果他们说要处死李承乾，恐怕李世民第一个不答应，退一步讲，就算李世民现在答应了，可万一等到杀了李承乾，他再后悔了怎么办，到时肯定会迁罪到那些说要杀李承乾的大臣身上。
当然如果劝说李世民不杀李承乾也不行，因为连杜荷这些从犯都被处死了，若是李承乾这个主犯反而活了下来，那又置大唐的律法于何地？
也正是出于上面的考虑，所以轮到处置李承乾时，朝堂上的文武百官也全都是装聋作哑，把事情又推到了李世民面前，反正无论李承乾是生是死，都是李世民自己做出的决定，日后就算李世民后悔，也怪不到他们头上。
面对百官的沉默，李世民也十分的为难，从本心来说，他自然想要留下儿子的性命，但是之前处死了侯君集等人，现在让他开口留下李承乾的性命，他一时间也开不了这个口，因此他也是十分的为难。
不过后来却有人站出来帮李世民解决了这个难题，此人官职不高，仅仅是个通事舍人，名叫来济，但这个人的来头却很大，他父亲就是前隋大名鼎鼎的左翊卫大将军来护儿，当初秦琼和马爷都曾经在来护儿手下效命。
这个来济在李世民左右为难之时说了句话，那就是“陛下上不失作慈父，下得尽天年，即为善矣”，也正是这句话，终于让李世民有了保住李承乾性命的借口，于是当场宣布将李承乾废为庶人，流放衢州，也就是后世的浙江衢州。
其实在原来的历史上，李承乾被废后流放到黔州，也就是后世湖北、湖南、重庆交界一带，虽然李休的穿越没能改变李承乾被废的命运，但是依然有一些影响，比如李承乾的流放地发生了改变，而且李承乾的心态似乎也与历史上不同，如果他真的能放下的话，应该不会像原来的历史上那样在两年后抑郁而终。