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山本详细交待了他杀害乙某和伪造自杀现场的经过。
早在佐藤警官重启对乙某寝室的调查之前，山本就穿着鞋套带着手套消去了废弃小屋中所有他存在过的痕迹，就连床单、被子和枕头都换了新的。
遗书也是提前模仿乙某的笔迹写好，山本和乙某“恩爱”十几年，乙某的一切他都烂熟于心，模仿乙某的笔迹不是难事。（前文中提到过遗书所用的纸张材质很厚，也是有原因的，下文会提到。）
至于行凶的过程和佐藤警官预料到的一样，他事先准备好四块木板（可以看成是四只巨大的木屐），先放在小屋中。
等佐藤警官安排人抓捕乙某的命令下达，他马上用两人联系专用的黑号打电话通知乙某，告诉乙某说警方很可能发现了“盒子”，让乙某马上来小屋集合一起出去避避风头，并要乙某路上不要接任何人电话，否则警方会定位他的动向。
乙某身为同性恋，和妻子感情不好平常都分居两地，恰好那天妻子来找他有点事情，山本并不知情，没有想到自己给乙某打电话的一幕被乙某妻子所看到。
（山本说到这里，也让佐藤警官明白了为什么乙某的死讯传到妻子耳朵里，妻子会那么淡定，或许她不知道乙某与山本的关系，但乙某身为同性恋她很可能知情，只是日本女人的温沉性格让她始终保持沉默。）
乙某接到电话后大惊失色，最快速度整理好几件衣物，驱车近一个小时赶到废弃小屋。
而山本早就从不远处的福利院赶到废弃小屋，手脚并用套上四块木板爬过泥泞的菜地，抵达了枯井边。
等乙某一到，山本就招呼乙某到井边来商议，当时的山本穿着鞋套带着手套，引起了乙某的怀疑，但山本的一个动作让他失去了警惕之心。
山本手里扬着一张折叠起来的纸（实际是写好的遗书），说上面有规划好的逃跑路线和计划，只要按照这个路线逃跑，就会有人接应，必然万无一失。
山本家是个尚未破落的豪族，有点后手再正常不过，乙某欣喜万分地走到井边来看山本手中的计划。
乙某的手机山本也用了一个理由拿了过来，说自己的手机没电了，想在逃跑之前给尚在外地读书的孩子发个报平安的信息，宽宽孩子的心。
山本父亲去世之后就只剩下儿子这一个血亲，平日里疼爱有加，逃跑之前发个信息联系下也是应有之意，乙某不疑有它，将手机交给山本，并接过了山本手中的纸张。
当时乙某的心思都集中在纸张上，想知道具体的逃跑计划，当他打开折叠的纸张，尚未看清楚写的是什么，纸张就被早有准备的山本抢过，随后一股大力袭来，毫无防备的乙某被推入了极深的枯井之中，头部撞击到井底的石板，一命呜呼！
为什么遗书上只有乙某的指纹？
是因为当时山本带着手套。
为什么现场发现的笔上有乙某的指纹而没有山本的指纹？
是因为这支笔本就放在小屋中，是乙某常用，山本买了一支同样的笔写下遗书，布置现场的时候带着手套将笔放在了遗书旁边。上面自然没有他的指纹。