当时的赛斯坦，已经研究出了强大的机甲，机甲军团需要由指挥战甲来领导，只是指挥战甲的能力太过强大，暂时还没有找到可以操控适合战甲的人。
没错，操控指挥战甲需要有一定的能力要求，但当时的赛斯坦人并不清楚，什么样的人才能胜任这项任务。无数优秀的战士都失败受到能量反噬，被反噬的人通常活不久。
为了对抗莱恩将军的克隆人军团，星际议会的科学家无月决定重启指挥战甲。但选谁去操作战甲成为了眼下最大的难题。
无月其实有三个合适的实验对象，一位克隆人战士，一位人工智能人类，另外还有一名是以前赛斯坦的年轻指挥官。
在赛斯坦覆灭之战时，曾经突然爆发恒星风暴，当时对战的三方军团被卷入其中，当时大家都以为他们死定了，让人没想到的是，有三人却奇迹般地活了下来，不仅仅活着，他们的身体还因为受到了大量致命伽马射线的辐射，而产生了变异，蕴含巨大的能量。
这三个在恒星风暴中意外幸存的人，被匆匆送到了赛斯坦的军事实验中心，但当时处于战争阶段，实验中心的大量设备受到了破坏，科学家们没办法稳定三人体内的能量暴动，只能将他们暂时低温冷冻起来。
两百多年过去，人们几乎已经忘了这三具被冷冻的躯体，直到后殖民时期，战争再一次爆发，无月决定再一次重启指挥战甲，这时人们才想起来那三个被冷冻的人。
他们被匆匆运回星际议会所在的星球，进行解冻唤醒。两百年过去，技术进一步发展，想要稳定这三人体内巨大的能量并不是问题，因此他们被唤醒后，洗去记忆，成为了指挥战甲的操控者，大家叫他们指挥官。
眼下唯一的问题是，指挥战甲一共有四个，而指挥官只有三人，剩下的战甲怎么办？没有指挥官操控指挥战甲，那跟随他的机甲军团也无法操控。
在这种情况下，深受压迫的殖民地反抗组织选出了自己最好的战士，申请进入星际议会的军事研究所，他们希望这些战士中，有能够操控指挥机甲的人。
三十名最优秀的战士被送入军事研究所，他们在这里接受了基因升级以及极其痛苦的身体改造，但依旧没法操控指挥战甲。最后，有一名战士自愿接受致命剂量的伽马射线辐射，他希望自己也能创造奇迹。
幸运的是，他活下来了，成为了第四位战甲指挥官。
四位指挥官带着自己的机甲军团加入了战争，但莱恩将军的克隆人军团显然不好对付，战争旷日持久，几乎将整个本源星系破坏殆尽。
胜利的曙光最终还是到来了，星际议会和殖民地革命军通过谈判得到了智慧者联盟的支持，ai大军加入了战争，最终三方势力合力将克隆人军团剿灭，将独裁者赶下台，殖民时代结束，新的纪元开始。