灵魂杀手的实际运作机制十分可怕，对任何一人使用之后，程序都会将此人大脑中的所有信息都进行数字化复刻，形成一个与原来的意识体一模一样的克隆意识体——也被称之为“印迹”。
程序能够把印记上传到指定的子网中，随后，它会杀死被害人体内本来的意识体，也就是所谓的灵魂。
这是真正的杀人不见血，只靠网络信号就行。
但换个看法的话，只要去掉灵魂杀手那复制人格后必死的副作用，这不就是人格备份技术嘛，只要再搞到逆向灌输技术，人造人技术这些，人是不是就能永生了？
于是一个计划就在荒坂三郎的脑海中油然而生，他暗中对远在美国的跟班冬史郎下令，让其绑架奥特·坎宁安，并从她那里搞到灵魂杀手的技术。
接下来就是强尼在夜店开演唱会，和奥特出门后，女友被绑架的那段故事了。
而被绑架到荒坂大厦的奥特并不会坐以待毙，她在复刻灵魂杀手的同时，也悄悄地为自己写了一个后门程序，确保她有朝一日因为各种原因被荒坂集团使用灵魂杀手程序时，能够顺利逃脱禁锢并回归到自己的身体。
而很快，强尼·银手率人前来拯救奥特。此时冬史郎已经对奥特使用了灵魂杀手，但奥特的印迹早已从自己建立的后门逃走，并未被关在荒坂集团准备好的网络监狱当中，而是躲在了荒坂塔的子网当中，随时准备回归自己的身体。
但阴差阳错的是，闯入实验室的强尼情绪失控，不仅一枪崩了冬史郎，更在奥特的印迹回归身体之前拔掉了她头部的管子，使得奥特的印迹失去了回归身体的途径，身体失去了意识体，成为了一具毫无意识的尸体。
奥特的印迹眼见着强尼抱着自己的尸体却束手无策，只得被困在了荒坂塔的子网当中。
之后的几年，奥特的印迹找到了某种途径告诉强尼自己还活着、很安全，但强尼听闻奥特的印迹被困在荒坂网络当中，便怒不可遏地与军用科技合作，在2023年用小型核弹炸毁了荒坂塔。
在这次突击行动当中，强尼成功地给荒坂塔的网络中上传了病毒，在蜘蛛墨菲的帮助下释放了奥特的印迹，也就是让她从区域子网跑到了更广大的赛博空间中。
据说在之后的几年中，奥特不仅躲进了黑墙，还在香港地区的子网中建立了一个‘鬼域’（ghost town）。
从此她的印迹便只有一个目标，解放并引导那些被荒坂集团偷偷用“灵魂杀手”上传到网络监狱的印迹们，让它们遁进鬼域，与自己融合，形成掌握更多信息与能力的强大ai，掌控所有数字网络。
也许从被灵魂杀手抽取出身体的那一瞬间，奥特本人就已经死了，现在游荡在黑墙另一面的，只是一个具有她所有记忆和模拟情绪的ai程序。
有点跑题了，说回当初解救了奥特印迹的强尼·银手，他撤离时当场就被荒坂三郎请来的雇佣兵亚当·重锤给逮了个正着，俘虏到了老登身边。
用核弹炸了荒坂大厦不说，还导致荒坂集团在企业战争中面对军用科技陷入了劣势，老登非常生气，想要让强尼闭嘴，于是就对他使用了灵魂杀手程序。
从那以后，强尼的印记，就被关在了位于荒坂塔地下深处，那个荒坂三郎打造的超级服务器，或者说是灵魂监狱——神舆之中。