起初，三代确实调查了一番，只是，最后遭到了木叶高层的强大阻挠，甚至，木叶的几个大名同时出面阻止三代的行动，甚至以木叶村来威胁三代，如果再调查下去，他们就不会再支持木叶。
至此，三代总算明白了事情的一切，知道了镜的身亡与木叶高层之间有很大联系，为了不引起木叶村的动荡，三代放弃了调查下去的心思，为了给宇智波一族交代，木叶高层捏造了一个假证据，随便找了个替罪羊交给了宇智波一族，宇智波一族尚且相信木叶，便不再追究，终于，此事作罢。
过了些年，九尾来袭，四代身死，木叶都将罪责算在了宇智波头上，对宇智波一族痛恨到了极点，但是碍于宇智波强大的实力，他们还是压下了毁灭宇智波的心思。
再后来，宇智波一族出了一个绝世天才，宇智波止水，宇智波一族都坚信着，有了止水，宇智波一族一定会再次走向昌盛，所以，当时宇智波族长富岳对于宇智波止水大力栽培，希望他尽快成长起来，所幸的是，止水并没有辜负宇智波一族人的期望，早年开启万花筒，并且拥有了不可思议的能力，别天神！
同时，宇智波一族诞生了另外一个绝世天才，宇智波鼬，作为宇智波一族族长的儿子，鼬被赋予的期望就更大了。和止水一起，他们并称宇智波双雄，在在宇智波一族人心中，两人便是宇智波一族的希望，明天的一切都要拜托在他们的身上。
宇智波出现绝世天才，而且还是两个！这样的事实让木叶高层震惊不已，此时，木叶村中几乎没有能和宇智波一族相抗衡的实力，就算是千手一族，也只剩下了纲手这一脉，根本就无人敢和宇智波一族相提并论。
看到两个新星冉冉升起，木叶高层已经预见了宇智波一族谋反推翻木叶政权的那一天，终究，木叶高层下了决定，彻底毁灭宇智波，绝对不能让对于他们政权有所威胁的一族存活在世上。
这时，团藏早已设立“根”部，作为类似于明代东厂一般的存在，它行使着督查和守护木叶的职责，当然，此时，宇智波一族警署的职权早已被架空，整个木叶的治安方面可以说都在“根”部的手中。
由于实力强大，毁灭宇智波一族的重任就交给了“根”部手中，团藏，一手策划了毁灭宇智波的计划，先是凭借职权强行夺取宇智波止水的万花筒，再是安排鼬，用佐助的性命做威胁，要求鼬一起参加宇智波的灭族计划。
鼬痛苦踟蹰，他从止水那里已经知道了团藏的一切，知道了宇智波一族无法摆脱被毁灭命运的事实，心神不安，“这就是命运啊……”
鼬还记得止水将自己的眼睛交给他时面色上的欣慰，“鼬，宇智波一族就拜托你了，照顾好它……”
只是真的能救得了宇智波吗？鼬清楚的知道，现在的宇智波，被木叶视作眼中钉的宇智波，无论如何都会被木叶毁灭，为了弟弟，他终于做出了决定，毁灭宇智波。
就算背上所有骂名，也要让佐助活下来。为了弟弟，鼬还是背叛了自己最好的兄弟，最好的朋友。同宇智波带土，团藏，以及“根”部精英，于月圆之夜，彻底杀死了宇智波的所有族人。
那夜，血色，曾经辉煌不可一世的宇智波终究被人毁灭，全族三百二十八人，除了佐助以外，无一幸免。