龙宇飞上台之后，立刻对飞鱼公司进行了改组。最开始的时候，飞鱼公司人口太少，即便吴家村加入飞鱼公司之后，也只有一千五百多人而已。现在，飞鱼公司的人已经扩大了二十倍，并且还在持续的上升着。龙宇飞这个统制，每天处理飞鱼公司的事就忙的要死了，这让他几乎没有多少时间用在科研上了。因此，他急需对飞鱼公司的组织架构进行改革，让他能够从这些琐事当中解脱出来，把精力放在科研上面，对于飞鱼公司的发展，他只需要负责大方向就可以了！
在龙宇飞的主导下，飞鱼公司首先进行了军政分离。军务方面，组成飞鱼军司令部，由龙宇飞亲任飞鱼军总司令。飞鱼军司令部下辖作战和后勤两个方面。作战部队方面，由原来的军务官牛猛出任飞鱼军第一旅旅长。此刻，飞鱼军已经有二十个步兵连了，在迫击炮研制成功之后，每一个步兵连将增加一个6人制的火力组，负责一门迫击炮的操作，这使得每个步兵连的人数也上升到了一百五十人。另外，每4个步兵连组成一个步兵营，营部直属一个警卫排，一个侦察排，一个有6门迫击炮的炮兵排，加之营部的其他人员，整个步兵营一共有七百五十余人。飞鱼军第一旅现在一共组建了4个步兵营，所缺的火炮，都等着兵工厂生产出来呢！不过，按照现在的编制，至少需要40门迫击炮才行，飞鱼兵工厂加班加点也需要两三个月的时间才能够生产出来。后勤方面，组建飞鱼军后勤部，部长则还是有之前的后勤官赵毅出任。负责飞鱼军的后勤保证以及军工研发和生产方面的事务。
政务方面，组建政务部，由原来的政务官李德成出任政务部部长。政务部下辖财政、民政、工商、农业、内政等几个部门。其中，财政和工商方面，有原来的政府副官刘明德负责，农业方面由飞鱼市市长吴永兴兼任，民政方面则有一个叫周元的人担任，他是之后加入飞鱼公司的一个华人村落的村长。内政方面，则是由吴永兴的儿子吴大牛出任。之前吴大牛在飞鱼军任步兵连连长，不过他年纪也不小了，都是快四十岁的人了，一线作战部队，还真不是他这个年纪的人待的地方。因此，由他负责内政方面的事务，正好合适。在加入飞鱼公司的华人越来越多之后，飞鱼军内也进行了一轮淘汰，年龄超过三十五的人，除了连长以上的军官之外，都被要求退役了。退役之后，他们直接当上了飞鱼城的警察，负责飞鱼城的治安。
飞鱼公司的这一次改革，使得飞鱼公司的组织结构更加的合理，龙宇飞也从这些琐事当中解脱出来，全身心的投入到了科研方面。很快，飞鱼公司在蒸汽机的研制上就取得了成功，可以自行生产小型的蒸汽机了，这为飞鱼公司的工业发展插上了一双翅膀，工厂所需要的动力问题都得到了解决，各种工厂犹如雨后春笋一般的成长出来。
另外，在龙宇飞的牵头之下，兵工厂也开始了小口径野战炮的研制。迫击炮虽然重量轻，但射程近，威力也小，不能作为压制地方炮兵的火炮。在欺负这些土著的时候，迫击炮就已经足够了。但是，总有一天飞鱼军会和西方强国对上的，到时候就需要威力更大，射程更远的野战炮才行。同时，飞鱼军注定不可能偏安一隅，将来不管是攻占吕宋岛还是向南洋的其他地区扩张，都需要一支强大的海军。在海军战舰方面，飞鱼军是无法和西方强国相比的，这就使得飞鱼军只能从其他方面想办法了。比起海战当中还在使用圆形实心炮弹的西方强国，使用新式大炮的飞鱼军，肯定会占很大便宜的。这样就给了飞鱼军一个以弱胜强的机会了！
飞鱼公司的改革完成之后，整个飞鱼公司都开始进入了高速发展阶段。陆续有华人村落慕名而来加入飞鱼公司，使得飞鱼城的人口进一步的上升着。飞鱼城的建设进度，也加快了不少。飞鱼公司组织大量的人力，围绕飞鱼城，沿着阿古桑河开辟出了数万亩的良田，足以养活飞鱼城的全部人口。到了1836年年中的时候，飞鱼城的总人口已经超过五万人了，已经占到了棉兰老岛的华人总数的大半了！
飞鱼军组建了4个步兵营之后，更是加强了训练。为了提高部队的战力，新任旅长牛猛更是整天泡在部队里面，和士兵们一同吃住，一同训练。虽然新兵训练很苦很累，但也成效显著，到1836年1月份的时候，新兵训练完成，这4个步兵营已经形成了战斗力。另外还组建了两个新的步兵营，也开始了训练。
兵工厂在牛猛的催促之后，加班加点的终于生产出了四十门迫击炮，装备到了一线部队当中。炮兵们经过半个月的训练，消耗了上千发的炮弹之后，总算也有模有样了。这时，飞鱼军的战争准备算是完成了！