辅佐县令安抚百姓，才是主簿的职责所在，以“恢办商税”为能必然加重商民的额外负担，且超出了其职责范围。因此，下令吏部进行调查。商税征收的数量也应当根据商业的发展状况，不能以往年的数目为定额，洪武二十年九月户部言：“今天下税课司、河泊所课程视旧有亏，宜以洪武十八年所收为定额。”洪武爷说：“商税之征，岁有不同，若以往年为定额，苟有不足，岂不病民？宜随其多寡从实征之。
对税官无理刁难商民，洪武爷更是严格禁止，如给商人造成经济损失的，税官必须予以赔偿。洪武八年三月，“南雄商人以货入京，至长滩关，吏留而税之，既阅月而货不售。商人谓于官，刑部议，吏罪当纪过。上曰：‘商人远涉江湖，将以求利，各有所向，执而留之，非人情矣。且纳课于官，彼此一耳，迟留月日而使其货不售，吏之罪也。’命杖其吏，追其俸以偿商人”。洪武爷认为，商人既已纳税，就应放行，此吏留难商人月余，使其错过市场机会，货物无法脱手，蒙受经济损失，仅给记过处分不足以惩其恶，命施杖刑，且以其俸禄赔偿商人。明官吏俸禄甚薄，税官俸薪不多，不足以抵偿商人的损失，但由此可以看出朱元璋反对官吏刁难商旅，保护商人免受无理苛索之意甚明！这些足以表明，洪武爷对商人商业的保护，若非如此，沈老爷子还能穿上这等质地的丝绸吧，若是我眼光不错的话，老爷子身上这一身衣服，织工精细，图案色彩典雅富丽，宛如天上彩云般的瑰丽，凤其富丽华贵，绚烂如云霞是用苏州的云锦做的吧？“
沈老爷子虽不相承认，无奈人家火眼金睛，一眼道破了其名头，总不好睁着眼睛否认，所以含糊的应了声。
杨峥继续道：“若从经济上说，洪武爷并没有过度的打压商人，咱们再说说从政治地位上，大明开国之初，洪武爷虽为治心切，广开言路，允许百姓上书言书，讨论军国大计，商人也不例外：“果有一切军民利病之事，许该当有司、在野贤人、有志壮士、质朴农夫、商贾技艺皆可言之，诸人毋得阻挡。”以法令的形式规定了商人在上书言事，上达下情方面，与地方官吏、在野贤人、有志壮士、农夫的同等权利，不许他人剥夺。可见，洪武时期的商人在政治上并未受什么歧视。
其次重视对公卿子弟的教育，注重其人格的培养，他说：“公卿贵人子弟虽读书，多不能通晓奥义，不若集古之忠良奸恶事实，以恒辞直解之，使观者易晓，他日纵学无成，亦知古人行事可以劝戒。”命儒士能鼎、朱梦炎等修“公子书”，纂集古代忠奸事实。同时，他也认为，“其民商工农贾子弟亦多不知读书”，“宜以其所当务者直辞解说，作务农技艺商贾书”，用通俗浅近的语言讲解从事农工商贾必须具备的基本知识，使这些孩子从小就懂得这些道理，为其将来从事的行业奠定一定的基础。即便是当年还在征战犹醛之际，“公子书”及“务农技艺商贾书”修成了。洪武爷命立即刊刻发行。为奖励熊鼎、朱梦炎等儒士编书的功劳，特赐给他们白金五十两及衣帽靴等物品，可见士农工商的确并不差，百姓的儿子可以读书科举，商人的儿子同样可以，沈老爷子凭什么说商人没有修身治国平天下的资格呢？朝天并没有排斥你们，给了你们保护，给了你们言论的机会，给了你们读书做官的资格，从哪一方面看，你们与百姓都没什么分别，反而是你们，仗着朝廷的给予的保护，自私自利，为了逃避税收，你们采取了‘附籍’的方法。小商人或者“变易姓名”或者“冒合匠户”，或其他职业户，如投充军户中的校尉、力士等，以此来逃避商人身份，在朝廷登记的时候，你们是怎么做的呢，打死不承认自己的是商人，不承认自己吃了朝廷的地租，不知是你糊涂，还是我看不明白呢，沈老爷子你们沈家这一年多没少购买店铺，田庄，据说差不多有上万亩良田，只因为你们记在了魏国公名义下，才得以顺利的逃避了税收，这些年逃避的税收也有不少吧？“