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与钱稻孙、许寿裳2位科长合作中华民国国徽设计案，执笔《致国务院国徽拟图说明全文详见2005年版《鲁迅全集》）；并设计了当时北京大学的校徽，系北大二字的美术字体；分管图资讯）业务：督导京师图书馆（后来的北京图书馆，现在的中国国家图书馆）等。文學馆直到被教育部时任署总长章士釗免职為止。
為此鲁迅向中华民国平政院提起行政诉讼并胜诉，依法可以復职，但他选择离开政府体系。
好友易培基接任教育总长后签署了让僉事周树人復职的命令，并以兼国立北京女子师范大学校长身份发出新的教授聘书，1926年318惨案爆发后，易培基等都被中华民国临时执政段祺瑞通缉了(註：鲁迅并没有被通缉)。
蔡元培将教育部改革為大学院期间，鲁迅被蔡元培聘為大学院特约撰述员，每月工资300圆。
大学院改回教育部后，这笔工资名义改為教育部编译费，仍按月支付。(1932年起，鲁迅不再兼任教育部特约编译。)
1926年，..南下厦门大学任文科教授。数月后，1927年，46岁的鲁迅离开厦门，18日抵达广州，19日晨在孙伏园、许广平的陪伴下移入中山系主任兼教务主任，并与自己29岁的学生许广平同居。
当时是中山大学校长朱家驊请鲁迅到校。鲁迅日记：1月26日晚往騮先寓夜餐；2月1日（除夕）夜往騮先寓夜饭，騮公邀鲁迅共吃年夜饭。不久又聘顾頡刚来校，顾北大毕业才6年就当研究教授，鲁迅很不服气，声称只要顾来他便走人。2月18、19日，赴香港在上环基督教青年会礼堂举行两场题為无声的中国及老调子已经唱完的演讲。
1927年。鲁迅辞去中山大学职务到达上海，10年之久，一直住在上海公共租界北区的越界筑路区域（所谓半租界，是指今天虹口区北部鲁迅公园一带），那裡有特殊的政治环境保护他写作免遭迫害，以及他不少的日本朋友。
1930年起先后加入中国自由运动大同盟、左翼作家联盟和中国民权保障同盟。但鲁迅与左联领导有很多思想上的冲突，因而有人认為他是自由作家。
1927年─1936年间，鲁迅创作了很多回忆性的散文与大量思想性的杂文，翻译、介绍外国的进步文学作品。
鲁迅在上海期间。和宋庆龄、陈賡有交往。鲁迅所主持的文学团体和郭沫若、郁达夫主持的文学团体有矛盾。
鲁迅扶植奖掖文学青年，包括柔石、白莽、萧军、萧红等，也和化名狄克的张春桥进行过论战。
1931年起，鲁迅大力倡导木刻版画，由此开始了中国创作版画的歷史。
1933年。鲁迅写了《為了忘却的纪念》凭弔柔石、胡也频等被国民党捕杀的五位左联成员。
**宣传部长李立三写信给鲁迅希望他用真名骂蒋介石，鲁迅拒绝说：文章很容易写..但在上海就无法住下去。
1936年，鲁迅在上海因肺结核病去世，终年55岁。他的死讯引起全中国的注意，在上海上万民眾自发為他一个文艺界人士举行前所未有的隆重的葬礼，民眾代表在其灵柩上覆盖写有民族魂的白旗，轰动一时。
第一次从万国殯仪馆啟灵时的抬棺人共12人。分為左右两排，最前面的两个是巴金、鹿地亙，后面依次為胡风、曹白；黄源、张天翼；靳以、姚克；吴朗西、周文；萧军（田军）、黎烈文。葬於上海虹桥万国公墓。