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初任奉礼郎、大理评事一类小官，后经枢密副使庞籍的推荐，入京為馆阁校勘，同知礼院，至和元年（1054），随庞籍到了并州（今山西）為官，改并州通判。
从嘉二年（1057）庞籍因事获罪，司马光引咎离开并州。宋仁宗末年任天章阁待制兼侍讲同知諫院。嘉佑六年（1061）迁起居舍人同知諫院。
司马光立志编撰《通鉴》，作為统治者的借鉴。治平三年（1066）撰成战国迄秦的《通鉴》八卷上进宋英宗，英宗命设局续修，并供给费用，增补人员。
宋神宗以其书「有鉴於往事，以资於治道」，赐书名《资治通鉴》，并亲為之序。王安石在宋神宗的支持下行新政，他竭力反对，与安石在帝前争论，强调祖宗之法不可变。
神宗命他為枢密副使，坚辞不就。熙寧三年（1070），自请离京，以端明殿学士知永兴军（现陕西省西安市），次年退居洛阳，任西京留守御史臺，以书局自随，继续编撰《通鉴》，至元丰七年（1084）成书。书成后，司马光官升為资政殿学士。
元丰八年（1085）宋哲宗即位，高太皇太后听政，召他入京主国政，次年任尚书左僕shè、兼门下侍郎，数月间罢黜新党，尽废新法，史称「元祐更化」。
元祐元年九月，司马光执政一年半，即与世长辞，享寿68岁，「京师人為之罢市往吊，鬻衣以致奠，巷哭以过车者。盖以千万数」，灵柩送往夏县时，「民哭公甚哀，如哭其私亲。四方来会葬者盖数万人」「家家掛象，饭食必祝」。宋哲宗将之葬於高陵。
死后追赠太师、温国公，諡正，赐碑「忠清粹德」。
遗著有《潜虚》、《均韵指掌》、《类编》、《传家集》、《翰林诗草》、《注古学经》、《易说》、《注太玄经》、《注扬子》、《书仪》、《游山行记》、《续诗治》、《医问》、《涑水纪闻》、《通鑑目录》、《通鑑考异》、《通鑑举要歷》、《稽古录》（《歷年图》、《歷代君臣事迹》和《百官公卿表》）、《切韵指掌图》、《司马正公集》等等37种。
司马光在政治上是标準的守旧派，他几度上书反对王安石变法。他认為刑法新建的国家使用轻典，混乱的国家使用重典。这是世轻世重，不是改变法律。
所谓「治天下譬如居室，敝则修之，非大坏不更造也。」司马光与王安石，就竭诚為国来说。二人是一致的，但在具体措施上，各有偏向。
王安石主要是围绕著当时财政、军事上存在的问题，通过大刀阔斧的经济、军事改革措施来解决燃眉之急。
司马光则认為在守成时期，应偏重於通过**纲常的整顿，来把人们的思想束缚在原有制度之内，即使改革。也定要稳妥，因為「大坏而更改，非得良匠美材不成，今二者皆无。臣恐风雨之不庇也」。
王安石新法大都切中实弊，反对新法的人，面对实际的政治问题，通常并无任何卓见。他们反对的理由包括「新法扰民」及「祖宗之法不可废」，却又提不出什麼更好的改革方法。
例如司马光批评王安石变法的理由之一是南人不可当政。他上奏宋神宗曰：「闽人狭险，楚人轻易，今二相皆闽人，二参政皆楚人，必将援引乡党之士，充塞朝廷，风俗何以更得淳厚？」
宋神宗熙寧年间，司马光强烈反对王安石变法，上疏请求外任。熙寧四年（1071），他判西京御史台，自此居洛阳十五年，不问政事。这段悠游的岁月司马光主持编撰了294卷300万字的编年体史书《资治通鉴》。
《资治通鉴》上起周威烈王二十三年（前403），下迄五代后周世宗显德六年（959），共记载了16个朝代1362年的歷史，歷经19年编辑完成。