柏杨初抵台湾不久，就在1950年因为「收听匪区广播」而被判刑六月。出狱后，历任教师等职。
1953年，与齐永培结婚，育有二子（郭本城、郭本垣）。1950年代成为中国文艺协会会员。
1954年在救国团任职；而柏杨於救国团任职后才开始写作小说，而且小说都有相当的现实性与批判性。1959年与齐永培仳离，与倪明华结婚，育有一女佳佳（郭本明）。
1960年5月起，以笔名「柏杨」在《自立晚报》担任《倚梦闲话》专栏作家，写作的杂文对於现况有很严厉的批判。
1961年开始，在《自立晚报》以「邓克保」为笔名所发表的《异域》，以报导文学手法，描述一支中华民国的忠贞jūn_duì ，奉令撤退到滇缅泰边区，与命运搏斗、冀求反攻大陆的事迹。
尽管故事中以虚构人物为主体，但主人翁们悲壮沧桑的血泪史触动人心，且於泰国北境确实有中华民*人和子弟们苦涩求活，因此读者们便以泰北孤军称此部队。
《异域》后来不但被拍成电影，还创下在台湾销售达百万册的惊人数字，是一部成功的战争小说。
1967年，柏杨代班主编《中华日报》家庭版时，该版以每周五天的篇幅刊载美国连环漫画《大力水手》。
1968年1月，柏杨因《大力水手》翻译文中提及大力水手卜派父子流落至一个丰饶的小岛而乐不思蜀，两人要各自竞选总统，撰写竞选文宣，柏杨将「fellows」（伙伴们）翻译为「全*民同胞们..」。遭国民政府情治单位理解为对蒋中正父子的暗讽，以「*间谍」及「打击国家领导中心」的罪名逮捕，判处十二年有期徒刑，1969年起囚於台北县景美镇军法监狱。
不过根据台湾作家、时事评论家李敖的说法，《大力水手》是由一位女性侨生翻译。柏杨只是照抄才出事情。
1969年倪明华提出离婚要求，结束十年的婚姻，柏杨在狱中绝食二十一天。
1972年跟台北其他政治犯一同解送到国防部绿岛感训监狱。1975年，因蒋中正逝世，而减刑三分之一为八年有期徒刑。
1976年刑满后仍被留置於绿岛，后来因为国际特赦组织等人权团体的要求才被释放。共被囚禁九年又二十六天。
柏杨在狱中完成了《中国人史纲》、《中国帝王皇后亲王公主世系录》、《中国历史年表》三部书稿。原本还有第四部《中国历代官制》，因为参考书於1975年被官员搜去「保管」，所以只写了一半。
1978年与后来任教於北一女的诗人张香华女士结婚。出狱后柏杨专事写作，其中1983年开始，他开始着手译写《柏杨版资治通监》，以「整体规划。分期出版」的方式发行，至1993年72册全部完成。
1985年《丑陋的中国人》出版，针对华人集体文化和性格上的缺点作出批判和探讨，引发全球华人社会热烈争论，1986年秋中国大陆掀起柏杨热潮，不久，中国学运爆发。*迁怒，柏杨於1987年霎时成为罪犯，其所有着作在中国大陆遭到全面查禁，直到2004年方重新正式授权出版。
柏杨也积极推动有关人权事务，1994年担任国际特赦组织台湾分会创会会长。
自从1994年进行心脏手术，接着一连串大病之后，柏杨的健康每况愈下。2000年5月20日接受*聘任为国策顾问一职。