不过，让所有中央首长想不到的是，就在将李剑生降职命令发布的第二天，李剑生所部发生了重大变故！
原来，在通告将李剑生降职后，临时中央决定在通道开会，统一思想，总体思考红军长征以来的各种问题。【】为了保证会议的胜利召开，由中革军委统一指挥红军各部，包括红一方面军各部和红三方面军各部向既定位置部署。对红三方面军的命令直接发给新任的红三方面军总指挥、政委黄苏。黄苏坚持执行中革军委的命令，将命令直接转发给下属的四个军团。然而，让所有人都想不到的是，这个由黄苏转发的中革军委的命令，却无法得到彻底的执行。
首先是部署在通道周围的红十八军团各师接到命令后，不约而同地回电：所部长时间奔袭，战士们兵困马乏，只能就地修整，无法执行方面军的命令。在行进中的红十六军团各师，以及炮兵旅、工兵师的回令也大同小异，虽然回电的具体内容各不相同，但明眼人一眼便可看出，这都是在以各种理由推搪：只是坚称所部需要休整，无法执行部署任务，然后继续向通道靠拢一回后，立即就地驻防，就是不执行黄苏转发的命令。只有曾中生的红十七军团和陈树湘的红十五军团还算好一些的，较能坚实地执行命令。不过，隶属于红十五军团的近卫师，隶属于红十七军团的红9、红10两个师，回电的情况也与红十六、红十八两个军团各师的相似，都是师首长不在部队，部队无法执行部署。虽然这种理由说得过去，但同样，明眼人一看就明白，这是部队在以各种理由推搪，拒不执行部署命令！
到这个时候，红三方面军总政委黄苏才知道，红三方面军，他压根儿就指挥不动。没有军团长李剑生的授权，莫说一个军团，就是一个师，一个团，自己那也是指挥不了的。这一回，这个脾气一直很爆燥的红军高级指挥员，破天荒地头一次没有发火，得到下属各部的回电后，一把就失神地坐到椅子上，半天没作声。他不知道，这红三方面军与红一方面军那完全是两回事。红一方面军那全是铁打的部队，成员较统一，骨干是经过几次起义后保留下来的精髓，后来被充的大都是苏区人民主动发展起来的；但红三方面军的兵源情况则完全相反，几乎全是从国党部队阵营的俘虏转化过来的，此生只认得李剑生；至于那些指挥员，清一色是李剑生用命相救出来的。在中央苏区的时候，在红四方面军的时候，在红二、六军团的时候，他们都是被“肃反”的对象，很多都是从牢房、从刑场上被李剑生以强抢、强调、强要等等手段救出来的，到得李剑生这里，不但命保下来了，更受到重用，因此对李剑生的感觉那是另一回事。至于政委黄苏，按理在红三方面军生活的时间也不短了，惜之他脾气一直很爆燥，与很多高级指挥员的关系处理得一般，丝毫没有大伙对李剑生的那般畏服和敬重。当然，红三方面军这些高级指挥员对于李剑生的不公正待遇也颇有微辞，因此以各种理由搪塞，倒也说得过去。这样一来，便直接导致黄苏的命令无人执行！这也就导致，红三方面军下辖的红十五军团，凡是由红一方面军临时划拨过来的兵力，坚决执行中央的命令；红十七军团，因为曾中生的原因，也坚决执行命令；但凡是李剑生一手带出来的部队，全部都不约而同的以各种理由拒绝执行命令。
情况很快反馈到中革军委，几位老首长同时大惊。军委纵队立即进入一级戒备状态。
中革军委第一时间开碰头会。几位首长第一时间都认定，这绝对是李剑生心中不服，在搞鬼。但这个认定随后被毛、朱、周等人否决，因为这几个熟悉李剑生的首长觉得，李剑生为人不可能这样；又认为这事情牵涉两大方面军、尤其是极其精锐的红三方面军，需要慎重对待。会议当即形成两项决议：一，红军总司令朱德同志立即下到红三方面军坐镇，临时担当起红三方面军总指挥之职，负责指挥部队。二，由周副主席为首组成临时调查组，负责调查整个事件的来龙去脉。这一调查，情况就明了。隶属于红三方面军的红十七军团长曾中生、红十五军团长陈树湘等人很快给中央回电，他们各部确实没有接到李剑生的电报指令；而按他们的了解，其他各部之所以如此，主要是因为他们都觉得总指挥李剑生受到了中央的不公正待遇才如此的；至于各部队的基层战士也都认为，总指挥李剑生杀俘的事情做得对！