有崇祯的命令和锦衣卫的配合，加上大量的证据，经过三司会审孙元化案很快就有了结果，经过审议孙元化被宣布无罪释放，由于朝廷已经撤销了登莱巡抚的职位，从此不再设立，孙元化原先的官职已经没有了，只能等崇祯决定以后的去留。
十月初四，徐光启在儿子徐骥和刘凡的陪同下亲自来到刑部大牢迎接即将出狱的孙元化。刘凡也第一次见到了大明闻名已久的铸炮大家。此时的孙元化已经是五十一岁的高龄了，加上一年以来受尽屈辱和折磨，遭遇了人生最大的背叛和冤屈。当刘凡见到他时简直不敢相信自己的眼睛，刚刚出狱的孙元化衣衫褴褛，蓬头垢面，头业已花白，神色也十分憔悴，远远望去就像一个行将就木的老人。甚至满脸病容的徐光启看起来都比他好一些。
孙元化在两个狱卒的看护下走出刑部大门，长期不见天日的牢狱生活使其不由眯起眼睛，看到站在对面的刘凡一行，顿时热泪盈眶。快步上前“噗通”一声跪倒在徐光启面前“学生孙初阳拜见恩师！”话音刚落就失声痛哭。
徐光启也是满心激动，扶起孙元化仔细打量了一下，半响才道“初阳！受苦了！都怪为师无能没有办法救你！只能眼睁睁的看着你在牢里受苦！”说罢老泪纵横。
孙元化有些哽咽的说道“弟子不怪恩师！只怪弟子不孝，连累恩师跟着弟子担心！一把年纪还有为我四处求人奔走！弟子无颜面对恩师啊！今生能再见恩师一面就已经知足了！”
徐光启安慰道“初阳莫做小女儿态！这次你能平安归来全靠济民帮助！你要好好感谢他啊！”
孙元化这才收起眼泪，对着一旁的刘凡长长一稽“感谢济民相助！此恩孙初阳没齿难忘！但有吩咐，在下赴汤蹈火在所不辞！”
刘凡赶紧扶起孙元化道“初阳先生言重了！您可能还不知道，老师已经收我为弟子了！现在咱们是师兄弟，一家人，相互帮助是理所应当的事情！千万不要说谢！”
孙元化闻言有些惊讶的看了自己的师父一眼，见到其点头才确定这事是真的，不由的对着刘凡道“没想道恩师晚年还收了一个关门弟子！难得济民受恩师青睐！想必必有大才！改日定当请教一番！”
刘凡连道“我也没有什么才能！只是对西方的事务感兴趣罢了！蒙老师不弃，收为弟子已经是万幸了！哪里比得上师兄！实不相瞒！我对师兄仰慕已久！此次也是出于尊敬才出手帮忙的！”
孙元化听到刘凡的话有些惊讶！正要开口，却听到徐光启打断道“好了！你们两个不要相互恭维了！现在初阳平安归来！以后有的是时间让你们相互了解！再说为师已经要求诸位好友至家中，一来为初阳接风洗尘！二来请他们做个见证正式收济民为徒！此时客人们怕已经等的不耐烦了！咱们师徒可不能失礼于人！应该先回府再说！”