最开始的荣耀研究所是完全的研究机构，研究的就是改造强化以及战术医疗等等涉及到指挥官舰娘方方面面的一个机构，也正是因为这是完全的研究机构使得这个机构实力相当的强大，不过当时的整体实力也不是很强，占领的岛屿也不是很多，当时的荣耀研究所就在目前铁血势力总部，这里是建造出大量历史战舰的地方，三大势力的sss级历史战舰中除了维内托其他所有包括已经被击沉的沙恩霍斯特格奈森瑙两姐妹都是在这里被建造出来的，铁血势力总部也是到目前为止防御最优秀的岛屿没有之一，造船厂也要比公正荣耀两大势力的造船厂优秀得多。
一开始荣耀研究所是相当团结的，根本没有什么对立之类的事情发生，当然那个时候主要是因为相当的危险，铁血势力总部之所以防御那么优秀一个很重要的原因就是当时的情况相当的不理想铁血势力总部是作为最后的堡垒打造的岛屿防御系统。
不过后来随着胜利不断的到来荣耀研究所渐渐发生了分裂，因为很多时候研究是有分歧的，在外部压力很大的情况下这种分歧是可控的，但是当外部压力没有那么大的情况下内部的矛盾就会爆发，首先就是主导岛屿防御系统的指挥官们与其他研究的指挥官起了巨大的矛盾。
岛屿防御系统的研究以及建造需要耗费海量的资源，随着研究以及建设的加大岛屿防御系统的开支越来越大，这就让其他项目的指挥官产生了极大的不满要求削减岛屿防御系统的开支，这势必引起了主导岛屿防御系统指挥官们的不满，但是因为探究岛屿防御系统的指挥官们数量不是很多所以最后还是通过了限制条例，这是荣耀研究所第一次巨大的矛盾，因为限制条例过于苛刻这埋下了后来出现的三大势力的祸根。
因为岛屿防御系统很是复杂所以从单纯的研究方向来看研究岛屿防御系统的指挥官数量是最庞大的，但是可以通过限制条例是因为其他的指挥官联合了起来，这使得研究岛屿防御系统的指挥官们觉得有必要团结在一起，这些团结起来的指挥官就是后来公正势力的雏形，也是为什么公正势力的岛屿防御系统做的最好的核心原因，因为最开始的公正势力指挥官就是研究岛屿防御系统的。
团结起来的这些岛屿防御系统指挥官开始利用资源研究其他的项目，这就出现了分化，因为这些指挥官不是全职研究是要参加战斗的，研究需要经费所以这些指挥官显得越来越不合群与其他指挥官矛盾也越来越大，而这个时候其他的指挥官也不是铁板一块了。
其他的指挥官在研究方向上产生了巨大的分歧，主要的就是一波指挥官认为研究不能过于盲目，在没有确切的把握之前不能随意把研究成果实际使用，另外一波指挥官意见正好相反，基本上这些指挥官就是玩数据流的，只要有足够大的数据就可以完成任何事情，但是因为获取数据的过程很多时候相当的危险还不人道这引起了第一波指挥官的不满。