袁世凯发到青岛的电报措辞十分谦恭,称自己对穿越者决无冒犯之意，而孙仲奎、万坤等人是私自行动，自已实在不知，不过也犯有失查之过，现在已将孙仲奎、万坤等人正法枪决，而对海外华人造成的损失，愿意赔偿10万两白银为补偿，并保证以后决不会再发生类似的事情。
与此同时，李鸿章也给穿越者发电，替袁世凯分解，并希望穿越者不要再继续追究袁世凯的责任，并确保袁世凯以后会全面配合穿越者，完成交接山东的各项工作，并表示在与俄国的谈判结束以后，自己会和袁世凯一起访问天津，协商清廷回归北京，以及山东地区的交割事务。
经过了近三个月的拉据谈判之后，李鸿章和俄国驻上海总领事p.a.德米特里耶夫就俄国从东北三省撤军的各项事宜大体达成了一致的协议。
其实这时在俄国国內，对远东地区，主要是对中国东北地区的处理方式，大体己经形成了两派，一派是以御前大臣亚历山大?别佐勃拉佐夫、内务大臣维亚切斯拉夫?普列维、海军元帅，皇叔阿列谢克塞耶夫、前御前大臣亚历山大*米哈依洛维奇大公、贵族、沃龙佐夫*达什科夫伯爵，富商冯利亚尔利亚尔斯基等人为代表。这些人基本都是俄国的贵族出身，或是与皇室有血缘关系，主张对中国、日本釆取强硬态度，不惜动以武力夺取中国东北地区，根本不用在意各国的态度。
另一派是以财务大臣谢尔盖*維特为主，包括有外交大臣拉姆斯多夫、驻朝公使巴浦洛夫、驻日公使罗仙、以及下任驻华公使雷萨尔等人，这些人基本都是俄国的外交人员，甴于他们受过较为良好的教育，而且长时间和其他各国接触，因此这些人的阅历、见识，对世界大势的把握，都要比国内其他大臣清醒得多，认为现在的国际竞争，纯武力征服己是比较低级的手段，而高级手段则是通过外交、经济、政治、文化等综合手段来达到目地，保证本国的利益最大化，武力主要是作为威摄手段，而且不到万不得己，不要轻易的发动战争。
而远东地区，由其是中国东北地区牵扯到多方面的利益，各国是不会允许俄国轻易的吞并中国东北地区，如果俄国强行武力占领，只会让俄国被其他各国孤立陷入被动，因此釆取与清国的策略，争取到中国东北居民的好感，并且获得一些在中国东北地区的商业利益，然后以经济手段为前导，辅以政治、文化、外交等综合手段，逐步向中国东北地区的扶植亲俄势力，等时机成熟之后，中国东北地区也就水到渠成的变成了俄国的领土。
俄国沙皇则是在这两派之间左右摇摆不定，最初是赞同維特一派的主张，甲午之后，俄法德弄出一个“三国干涉还辽事件”确实赢得了不少中国人的好感，在清廷力主联俄抗日的大臣有不少，在这种情绪下，1896年李鸿章访俄期间，与俄国签定的【中俄密约】，就是維特一力推动的结果。
但到了1900年，清廷发生义和团运动，沙皇认为清国将会就此陷入分裂，于是改变了主意，决定趁着中国内乱之际，以武力强占中国东北地区。结果俄国虽然确实占领了中国东北地区，但却引发了与各国的紧张关糸，由其是海外华人横空出世，先是击败八国联军，又在山海关一战中，大败俄军，后来甚致和日本举行海上联合演习，大有双方联手对抗俄国的势头。
这一来俄军也感受到了沉重的压力，在远东地区的兵力严重不足、后勤物资的供应也十分不利，而海上则更为被动，制海权尽失，如果海外华人真的和日本联手发动战争，至少当前的局势对俄国相当不利。在这种情况下，俄国又改用维特一派的主张，和清廷进行谈判。
不过俄国在谈判中提出了许多无理的要求，向李鸿章提出，退军可以，但要求清廷对东北地区的官员任免必须和俄国协商；清廷在东北进行的任何贷款只能在俄国的华俄道胜银行进行；东北的任何铁路或工业租借权未经俄国同意，不得让与其他各国等等。企图垄断东北金融和一切租借权。
但这次李鸿章的背后有海外华人和英美日等各国撑腰，底气也足了，难得的强硬了一回，对俄方提出的这些要求全部拒绝，谈判一度陷入僵局。不过这次俄方确实没有什么强硬的筹码，因此在李鸿章的强硬拒绝，不惜以谈判破裂相要挟，也不得不做出了让步。
最终双方签定了【清俄交收东三省条约】，大体的內容有四条：
一、 东北三省在俄军未经占据以前的各地，仍归中国版图及中国官员治理。