回到了杭州之后，这时周世奇等穆陵关转移过来的行政人员和一批工匠早己经到达了杭州。众人见商毅回来了，也都十分高兴，因为这一分开就是半年的时间，互相之间也都十分想念，述说离别之情，讲了好一阵子。
商毅立刻招集所有的人开会，首先将王夫之向众人作了介绍，并且正式任命王夫之为文书司的主事，将直接受商毅的领导。其他人也都向王夫之的加入，表示了欢迎。
随后商毅又宣布将在杭州成立正式的行政系统，其实商毅在穆陵关时就以经建立了一个十分完善齐备的行政班子，只不过在当时有许多人都有些不理解，因为当时商毅的辖区很小，只有穆陵关和南北的两个县城，完全没有必要把幕僚的班子弄得这么复杂而细致，而现在看起，用在浙江却是正此合适，而且经过大半年的工作运行之后，也都有了一定的工作经验，现在只是把这套班子完整的移到浙江来，只需熟悉一段时间，就可以开始发辉作用了。
只不过让周世奇觉得诧意的是，难道说这是商毅早就准备好了有这一天吗？
现在己经是十一月末的时候，商毅要求各个部门用一个月的时间来熟悉情况，在新年左右，就要开始正式的开展工作了。并且提交各部门明年的工作计划。
同时商毅还对行政班子进行了一些小的调整，因为现在商毅实际的控制地区有杭州、湖州、绍兴、嘉兴、宁波五府，而且这五府的原来行政机构都被叛军破坏掉，朝廷也没有派新的官员来。商毅当然知道，大明朝廷现在那还顾得上这些事情，那么就由自已来组建五个府的地方行政机构，正好可以借这个机会，把这五个府的行政权力牢牢掌握在自己手里。
当然商毅派出的官员现在还不能自称知府，而是叫代理行政官员，但实际是行使知府的权力。因为杭州府是目前商家军的驻扎地，因此由周世奇来出任，绍兴府由周少卿出任，湖州府由原来的沂水县知县郑茂出任，嘉兴府和宁波府由原来十里屯和八角台村的村长赵秉义和黄东山出任。
任务分派完毕之后，商毅道：“各位，虽然你们现在只是代理官员，但我会向朝廷奏明，以后争取会让你们都成为正式官员，这一点你们尽管放心。”
众人听了，也不禁都喜形于色，因为在此之前他们中间最大的也不过是个知县，向赵秉义、黄东山也就是个村长，压根就没有做过官，现在一下子就窜到了知府的位置，不亚于一步蹬天，同时毎个人心里都明白，这完全就是受商毅的恩泽所致，因此也都死心塌地的根着商毅干下去。
这时商毅又道：“不过各位，有一点我必须首先向你们说明白，我们商家军自从成军以来，一直秉承的都是保护地方，护境安民的原则，从来都没有做过呈强凌弱，欺压良善，危害乡里，鱼肉百姓的事情。在山东是如此，现在到了浙江，还是如此。因此如果谁要是违返了我们商家军建军的原则，我决不会轻侥。诸位都是和我一起看着商家军的发展到今天，而且大多数都还是我的长辈，我不希望看到那一天的到来，因此还请各位都好自为之。”
他说完之后，周世奇道：“商毅，你放心，我相信他们都不会胡来。”然后转头对另外四人道：“你们刚才都听清楚了，都好好想一想，是谁让你们有今天的地位，是谁让你们坐到这一步的，你们平时不是也都恨那些贪官污吏吗？现在自己可不要做了贪官污吏。如果你们不好好的干，对得起商毅吗？”其他四人听了，也都纷纷表态，表示自己一定不会辜负商毅的期望。
当然商毅也知道，不能就凭他们这几句话，就能完全信任。靠官员自身的操守，是完全靠不住的。也许现在他们所说的都是出自真心，但到了任上之后，日久天长，各种诱惑太多，谁都不敢保证会不会变化，因此加强监督是完全有必要的。于是商毅也决定，成立正式的纪律检查司，负责对各级官员的行为、工作进行监督工作，可以直接向自己汇报。不过现在先暂时由仲栽司兼任。
在最后，商毅又宣布了一项决定，如果自己以后出征打仗，或者是另有其他事情要离开杭州，将由叶瑶瑱代替自己主持浙江所有的行政事务，所做出的决定，全都有效。因此以后的所有行政会议，叶瑶瑱都将参加。
对这一点其实众人到并不觉得有什么意外，因为在商毅领军南下的这半年时间里，叶瑶瑱实际上就以经代替他主管商家军的政务了。只不过现在商毅正式硧认了叶瑶瑱的权力地位。
散会之后，其他人都离开，只有王夫之留了下来，到了商毅的面前，拿出一张纸递给商毅，道：“大人请看，这是用活字印出来的小样。”
商毅赶忙接了过来一看，果然见在一张纸上正反都工工整整印看一页文字，毎个字的大小大约在十五毫米左右，纸迹清晰，排列整齐，而且还散发着一股油墨的香味。商毅也不禁大喜，道：“很好，果然是弄出来了，走，我们马上去印刷坊。”