四级驱逐舰目前有二十八艘，正好就用二十八星宿的名字来命名，五级护卫舰有十八艘，则全部用浙江地区的地名来命名。其他辅助战船都是褔船，因此也以“福”字号来命名。
不过目前商家军的海军的主力战船虽然不算少，但从结成上来说，目前商家军的搭配并不合理，中小型主力战舰偏多，而大中型战舰偏少，合理的战舰搭配应是以第三级巡洋舰为主，然后向两头逐次减少，因此在以后要逐渐改善这个结构。
然后商毅又将目前的海军分为五个分舰队，毎个分舰队只有主力战船和铺助战船，数量在二十艘到二十五艘不等，设旗舰一艘、第二旗舰一艘，旗舰舰长同时也兼任分舰队舰长。而运输船和哨船则根据战场的需求，临时分派给各支分舰队。
因为在这个时候的海战通迅不便，无论是多么训练有训的海军，靠一艘旗舰根本不可能指挥得了百艘以上的战船，因此将一支船队分散为若干支二十艘左右的分舰队，实行层层指挥，才是最好的办法。
另外商毅还得到了一个好消息，自己建造的两千料福船，己经在造船厂里下水试航成功，可以服役使用。而且在造船厂的主体结构都己经完成，开出了大小十个船坞，并且又有两艘二千料福船，六艘一千料西式帆船在建，预计在九十月份，造船厂建造的第二批船只也可以投入使用了。并且还将再开挖三到五个船坞。眀年将达到年产船只二十条以上。
而在另一边，兵工厂也全面完工，开始全面投入生产，目前己经生产了火枪三千余枝，其中线膛枪六十支，各种火炮五百多门，其中重型火炮为一百五十多门，包括二十门山寨版的拿破伦炮。并且还制造出三十架管风琴枪。
商毅从北京带回的工匠中，绝大部份都是枪炮制造工匠和木匠，因此兵工厂加入了一千多人，而造船厂里也增加了六百余人，也能够大大提高产量。
同时商毅也对火炮、火枪的名称进行了统一的规定，火炮的标准命名将以口径、重量、材质、用途等特性来定。什么红夷大炮、佛朗机炮这类只能算是火炮的外号或是爱称，而正式文件中，都必须使用标准命名。
火炮的重量等级以八百斤以上为重型，三百至八百斤为中型，三百斤以下为轻型。材质则分为铸铁、青铜、铜、钢等，而用途又分为野战炮、榴弹炮、迫击炮、臼炮、舰载炮、要塞炮等等。这样山寨版的拿破伦炮的标准名称就是三寸六分口径重型青铜野战炮。这样的名称，也使人对火炮的性质一目了然，减少了许多不必要的误会和麻烦。
目前商家军火枪的种类不多，火绳枪己全面停产，主要生产的是前装滑膛燧发枪，和前装线膛燧发枪两种。统称为步枪，而以后还是和后世一样，用数字编号来命名。
而商毅又给兵工厂的研究部下达了三个新的研究课题，地雷、水雷和骑军用的手枪。同时还要新建一个车辆厂，准备生产各种军用民用车辆。
这些事情一一处理完之后，商毅这才松了一口气，而时间也到了五月底。
就在六月一日这一天，商毅收到了登州的周少桓发回杭州的消息，原来李自成败亡逃离北京之后，各地原以归顺李自成的明朝官员都纷纷反正，山东德州乡绅原御史赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛等人发动起事，推举明宗室庆藩奉国中尉朱帅为盟主，假称济王，号召远近。山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月的时间就占领了山东、河北的数十个州县，一时也是声势浩大。并且也派人到登州来招周少桓入伙。同时一些地方势力也纷纷聚众起事，割据一地，抢夺城池。如灵山卫的张大雅、张千出、韩继本，高密县的单之赏、张宇等。
而清军攻在北京之后，一面追击大顺军，一面也先后派前明降臣方大猷、王鳌永为使，招抚山东地区，但都没有结果，也在计划出兵进攻山东之地。
因此周少桓在信中建议，现在没有必要只守在登州府一地，可以趁着山东地区混乱局面，先出兵占领莱州和青州，以商家军在这一带的基础，应该不会有什么困难。这样一来，日后和清军做战，回旋的余地也大一些。
商毅正要写信回复周少桓，而这时海边的张庚秋忽然回到了杭州，告诉商毅，西班牙jūn_duì 又派出了一支舰队，进攻中国。