但这份上疏很快就被內阁驳回，史可法代表内阁答复，朝廷己经言明，只诛马士英，不牵连傍人，不可出尔反尔，而且马士英本无党阀，不必清查，同时以后此事也不可再论。
其实候方域上疏之后，在内阁里黄宗羲是主张照办的，严查马士英的余党，但史可法、吴甡都坚决不同意，因为史可法也记得商毅劝告，现在正是多事之秋，凡事当以稳定为主，以备战守地为重。吴甡也十分赞同，而且马士英出任首辅的时间只有一年，还没有来得及大范围安插自己的班底亲信，因此马党除了阮大铖之外，到还没有多少有份量的人物，现在阮大铖也己被逐，马党实际己烟消云散了，就算有少许余党，也都是无足轻重的小角色，翻不起大lang，一但继绫追查，扩大打击面，难免有人会公报私仇、连累无辜。使朝廷又陷入混乱，而且又会牵扯朝廷的大量精力。
而另二位阁臣中，高弘图也反对这么做，只不过态度没有史、吴两人过么强烈，而钱谦益一向见风使舵，一见现在是三比一，反对党以大比分领先，立刻来了个锦上添花，也投了一票反对票，因此这个基调就这么定了下来。同时史可法、吴甡也都认为，这股风气也不能足长，必须强力打圧下来，才会有这么严厉的回复。
就这样候方域的上疏不仅被驳回，还被训斥了一顿，碰了一鼻子灰。但现在史可法在南京的威望正高，又是东林前辈，小候也只好暗气暗憋，另三个死党这时也不敢胡乱出言相助。这件事情也就这么给压制下去了。
而就在这时，商毅取得鲁南战役胜利的告捷也发回了南京，商毅在告捷中到是实事求是，并没有夸大其辞，说什么血战、力胜之类的话。实话说明许多地方的淸军并不多，也没有经过什么大战，但胜利俯意义在于，南明终于打通了和山东地区之间的陆路联系。
不过尽管如此，又取得了胜利也总是让人高兴的，而且从形式上来说，南明朝廷也还一直坚守着山东地区，并没有放弃北方的土地，因此也让不少人感觉到南明的新兴气像，看来明朝好像还有中兴的希望。
打了胜仗自然就要嘉奖，但现在商毅己经出任督师，这个官职己经够高了，再要往上封，要么是加三公的虚衔，要么就是封公爵。不过这一次胜仗也是江淮之胜的延续，因此内阁也认为只对商毅进行嘉奖白银十万两，彩绵千匹，官职这次就不升了。同时收复的地方，也全都由商毅管理，而对商家军的部将中，周少桓、成进加封伯爵，而童大勇、王信、罗远斌都封为子爵、就用这些中小爵位，糊弄过去算了。
而紧接着在湖广一线也传来战报，阿济格部也停止了进攻，退兵到德安、承天一线。而且多铎、阿济格等清军主将也都被招回北京，这样一来南明东西两面的军事也全部都解除了。
直到这时南明廷朝才算是彻底安全了下来，而在东林党內部，也开始逐渐分化为左、中、右三个阵营，以黄宗羲、黄道周以及四公子为代表的激进冒险份子属于左派；以吴甡为主的保守人士属于右派；而史可法、高弘图、钱谦益等大多数人则为中立派，不过在中立阵营当中，史可法、高弘图显然是偏向干右派，而钱谦益则倾向于左派。
在南明朝廷旧的政治格局被彻底打破之后，新的格局也在逐渐形成着。
商毅收到南京朝廷的嘉奖和钱银彩绵之后，又上了一份谢表。虽然他对朝廷的嘉奖并不感兴趣，但对南京还是十分关注的，朝廷发生的变化他都己经知道了，看来自已的翅膀终于扇出了一阵颠覆性的大风暴，不仅使南明能够继续延续下去，就连东林党居然也能够咸鱼翻身，又发达了起来。
这也是东林党继天启初年之后，又奋斗了差不多二十五年，终于又一次重新全面掌握了政权，而且这一次似乎也不会再出一个九千岁来搅局，东林党也能安安心心来实现自己的政治理想了，因此商毅也充满了好奇心，想看一看，一向以正人君子自居的东林党这一次能够玩出什么花样来。
不过商毅也想过，毕竟现在有史可法和吴甡这两位大佬在朝廷里支撑着，而高弘图、钱谦益这些人也都有些真材实料，应该不会坏到那里去，如茱南明能多撑一天，对自己来说，也能多赢得一天的发展时间。
但就在不久之后，商毅还是发现，自己的想法仍然是太傻太天真了。