亚莉桑德拉当然不知道岛津光久还在为恢复萨摩藩的实力，作着最后的努力，而在这个时候，她在琉球岛上，衍然就是一位殖民地女总督的感觉。
其实就在征萨舰队还没有返回琉球岛的时候，一艘艘运载着各种物资、金银还有日本人口的船只陆续到达琉球岛，就己经向琉球王朝宣布了这次商家军进攻萨摩藩的战役的胜利。而在琉球王朝中，还有一些对萨摩藩依然抱以幻想的亲日派人士，也越来越觉得失望，最后几近绝望。
当然琉球王朝的亲明派势力也彻底扬眉吐气，也包括琉球王尚贤在内，尽管现在他们己经知道，这并不是真正的明军，而是一位明朝将军的私军，但那也沒关糸，总比萨摩人要强得多。而且在事实上，商家军士兵的表现，也确实出萨摩士兵强多了。因此尚贤也觉得，如果一定要当傀儡，那么也是给商家军当傀儡要好得多。
而在亚莉桑德拉率领着最后一支舰队从九州岛返回琉球岛的时候，尚贤也带着琉球王朝的全部大臣，到码头迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一样。
虽然战事己经结束，但还是有许多善后的工作需要处理，因此舰队还不能马上转回杭州。
首先是要确定，萨摩藩的势力是真的完全退出了琉球群岛。亚莉桑德拉派黄震带领第三分舰队，去巡视奄美诸岛，督促萨摩藩尽快撤离，以免留下后患。
其次是从萨摩藩抢来的这些东西和人口，分配到台湾的有三万多妇女和一万多男子，至少也需要分二次才能全部运完，而带回到杭州的，还有一万多名妇女，和绝大部份的物资钱财，另外还有三千多来自台湾的士兵，亚莉桑德拉决定，先把台湾的人口运走，然后再将剩下的人口物资一起带回杭州。而台湾士兵留下两千人，驻守琉球，以半年为期，轮流驻守。
运抵台湾的日本人中，工匠和男人将集中参加基隆煤矿的开釆工作，一边开釆一边学习汉语，而女人将首先接受必要的汉语训练，达到能够使用汉语进行一定的简单对话，简单的表达自己的意思，然后分配给移民台湾的单身男人，组成家庭。
接下来就是整顿琉球王朝，在刚刚攻占琉球的时候，曾经将首里的亲日派势力整顿了一次，而这次就是针对地方上的亲日派势力。
当然商家军对琉球的内部事务并不熟，也不分不清楚到底谁是亲明派、谁是亲日派，但亚莉桑德拉却祭出殖民者屡试不爽的以夷治夷手段。先任命在清理亲曰派时有出色表现的郑充中为国相，执撑琉球王朝的朝政，蔡锦、金应元为长史、吉时逢、翁镇为议政大夫，这些人自然都是亲明派的大臣，另外最早投降的两名琉球军韩建中和刘克军也被委以重任，成为琉球军的最高统领。然后由这些人来完成对亲曰派的大清洗。
对于这些任命，身为琉球王的尚贤当然不敢有任何反对的意见，因此很快就在琉球建立了一个基本亲眀的政权机构。虽然说还不能完全把亲日势力完全清除干净，但只要商家军在琉球群岛保持着军事上领先优势，也就不用但心他们会反水。
把这些事情都处理完了，亚莉桑德拉留下西班牙舰队驻守琉球群岛，任命莫亚驻守琉球岛，阿尔维斯驻守奄美岛，并接受台湾的直接管辖，然后才率领着舰队，返回杭州。而尚贤也派遣蔡锦、吉时逢两人为使者，随船一行来到中国，向南京朝廷朝贺。
征萨舰队是在九月下旬到达杭州，当然也受到商毅的热烈欢迎，因为这可是商毅首次主动对外作战，而且作战的对手还是日本，排除在另一时空里的中日仇恨，即使是在这个时代，中日之间也有不少纠葛，日本也是唯一一个中国周边并未向中国臣服，并且经常与中国为敌的国家。
在明朝开国之初时，朱元璋曾派遣使臣下国书到日本，要求日本来朝拜中囯，并责令他们解决扰明倭寇。结果，国书送达日本后，日本不仅没来朝贡，而且还砍了朱元璋使者脑袋，同时回复了一封尽极挖苦之能的国书。虽然朱元璋扬言要出兵，征服日本，但鉴于蒙古大军攻日的惨败教训，最终也只能不了了之。
而现在商毅却可以凭借初步建立起来的海上优势，和超越这个时代的武装力量，在这一战中彻底打败日本西南的强藩萨摩藩，同时也基本测出了日本的底细，还煅练了海军的跨海作战能力，可以不客气的说，如果没有满清的危胁，以商毅目前的实力，就足以扫平日本了。