因为时间里迫，军部的成员也各兼任以前师级职务，因此人员也不需要重新调整，可以说很快就能快完整编，而商毅也开始考虑，在南京失守之后，商家军的整体作战安排。
现在清军的战略计划己经十分清楚了，就是在山东主守，江淮牵制，主攻长江中游。而在清军攻占南京之后，一定会集中优势兵力，以南京为基地，前来进攻浙江，因此在江南地区，恐怕也只能以战略防守为主，并以杭州、苏州两地为防守核心。
因为杭州是目前商毅集团的行政机构所在，绝大部份士兵的家属，还有重要的工厂、学校、对外港口都设立在杭州附近，因此杭州绝不容有失的。而苏州是商毅集团除了杭州以外，在江南的最重要城市，主要的出口商品丝绸，几乎都是在苏州生产，同时苏州还足连结着江北地区，和控制长江入海口的重要战略位置，因此苏州无论如何也一定要保住。
当然一味的防守显然不是上策，什么死守城池，也从来都不是商毅所考虑的战斗方式，既使是在战略防守，也一定是要守中带攻。因为在商毅的战术指导思想中，防守只不过是为了反击而做的准备工作。因此商毅很快就开始考虑，如何向清军发动反击。
虽然清军在夺取了南京之后，确实占据了战略主动权，但由于这一次南侵清廷本身就十分免强，而且战线拉得太长，因此商家军的反击点依然很多。
首先南京就是清军的一个最大弱点，因为南京城本身过于庞大，而且又滨临长江，因此想要完全守住，则需要在水陆两线都布置大量的兵力，在另一时空里的十余年后，郑成功就利用自己的水上优势，从长江入海口发动对南京的突然进攻，一度打得清军十分被动，如果不是当时郑成功优柔寡断，一再错过战机，这一战就可以攻下南京了。
但这个战术角度来说，这无疑一个极好的从水上突袭南京战例，商毅完全可以学习使用，而且和那个时候的郑成功相比，商毅的海上实力，则要更胜一筹，同时还控制着长江入海口，而郑成功所犯的错误,商毅自信自己决不会再犯。
另外在江北、山东两个战区，清军的兵力都较为簿弱，由其是在山东，尽管清军有近七万大军驻守，但基本都是杂牌军，战斗力并不强，而且这两个战区也己经被连成一片，因此完全可以集中兵力，选择一个合适的地方，比如商毅一直念念不忘的徐州，或者是济南、兖州等地主动向清军发动进攻，打几个胜仗，歼灭一部份清军，也能移牵制清军在江南的兵力。
同时商毅还有一个大胆的支划，在必要的时候，完全可以充伤发挥商家军海军的绝对优势，就像去年救援北京一样，从海上发动突然袭击，而这一次商毅攻击的首要目标可就不是北京了，而且是清廷的真正老剿盛京，也就是后世的沈阳。
尽管清廷己经入主北京，但毕竟时间不长，盛京在满人的心目中，依然还有十分重要的位置，同时淸廷历代先君，还有爱新觉罗氏先祖的陵寝，也都建在盛京。因此一但盛京遭到袭击，对清廷在精神和心里上的打击将会是十分沉重的，同时对自己也是一个极大的鼓舞。
而且现在清廷的主要力量都已经迁到了关内，关外的守备十分空虚，当然以这个时代的战略观念来说，关外己是淸廷绝对的大后方，也沒有必要留下过多的兵力防守，只不过谁也不会去想到，来自海上的敌人的威胁。因此突势盛京的成功性非常大。同时也会迫使清廷不得不抽调大量的兵力，回援关外，并且在勃海沿海地区都要布置足够的兵力驻守，当然这样一来，在南方的压力也就能够大大减轻了。
而由于有突袭北京的成功战例，**部也对商毅的袭击盛京计划同样充满了信心，而且通过商毅的分析，也充份认识到清军原来还有这么多的弱点，因此就算是南京失守，也没有什么大不了的，只要有商毅在，仍然可以打败清军。