南京的顺逆之争当然也传到了军校里，并且在军校里也引发了一场讨论。商毅一直秉承着开明冶学的态度，因此并沒有对学生们进行刻意隐瞒，将顺逆之争后进展情况通过［杭州时报］传递给学生，也没有要求军校对支持倒顺的学生进行压制，只是用道理和事实进行说服，当然前提是支持倒顺的学生不许违反校规。
一开始倒顺派还有一定的市场，但在清军趁着李自成撤军之后，发动了第二次南侵，支持倒顺的学生也在日益减少，因为军校毕竟不是道学，而且在为先帝报仇和南明灭亡中间选择，除了极少数死脑筋之外，绝大多数人都会作出理智的选择来。其实就是在南京发动倒顺的东林党，也是因为对南北局势判断错误，要是他们知道清军会这么快就发动第二场南征，也决不会傻得发动这场斗争。
陈永华和夏完淳两人，由于各自的出身不同，在这场顺逆之争中所处的立场也不同。陈永华的父亲陈鼎虽然是崇祯十七年（1644年）的进士，但并不是官宦世家，而且因为明朝的灭亡，陈鼎并没有出仕为官，因此陈永华也比较容易接受从现实出发，招安李自成，共同抵抗清军。
而夏完淳的出身，与和东林党有着千丝万缕的关系，他的父亲夏允彝是江南名士，与东林党十分交厚，而且还是东林的另一个分舵——几社的创建者之一。老师陈子龙更是东林糸统的干将之一，因此在各种斗争中，夏完淳都是十分坚定的站在东林党的一边。但这次顺逆之争，却是东林党内部的斗争，而且斗争的双方：史可法、吴甡、钱谦益、黄宗羲都是很受夏完淳尊重的人，因此夏完淳也十分迷茳，不知道自己该支持谁。
但在清军南侵开始之后，夏完淳才意识到，倒顺派从一开始就是错误的，由其是这个时候，吴甡被罢官之后来到了杭州，因为暂时无事，也被商毅拉到几所学校里去帮忙教学，当然也让他现身说法，把这次顺逆之争的来龙去脉交待清楚。他是当事人之一，也是东林党的老成员，自然也有相当大的说服力，这才使夏完淳彻底倒向了挺顺一派，同时也对钱谦益、黄宗羲、四公孑等人不顾大局的行为十分不满。
不过这个时候李自成的败亡己经成为了定局，而且清军的兵锋也直逼南方，再争论谁对谁错已经没有多大意义了，因此商毅也在军校中进行了全面的动员，要求学生停止争论，少些虚谈阔论，多做实干事情，把全部精力投入到抵抗清军的准备工作中来，虽然他们还不能亲自上战场杀敌，但如果尽力保卫杭州的治安，加强抗州的宣传，也是为抵御清军做出贡献。因此陈永华和夏完淳也都决定响应商毅的号招，尽自己的力量，为抵抗淸军的入侵，做出自己的贡献。
军校第三期的学生基本都能识字，但像他们两个这样饱读诗书，下笔成文的人毕竟不算多，而且学问高的人一般也都受人尊重一些，教官也有意让他们付责一些教导其他同学基础知识的工作，有时写个什么通知、宣传也都叫他们代笔，所以平时两人在同期的同学中也形成了一定的威望，有了几分领头者的架式。
而这次宣传工作，绝大部份标语，宣传文章也都是出自他们两人之手，因为两人都还写得一手好字，因此十二班付责的宣传工作也得到军校的不少表扬，也使两人的名字开始在学校中逐渐传开了。
其实不仅仅是陈永华和夏完淳，就连吴甡来到杭州之后，也对杭州的兴旺繁荣景像大为震惊，他在南京的时候，也知道商毅在杭州进行了一系列的变革措施，清丈土地、扶值工商业，大力发展海边贸易，当然也逐驱了不少地方的豪强势力，其中相当一倍份都是有东林背景的人。
有一些浙江的地方豪强势力惹不起商毅，只好迁移到南京来，当然就拼命诋毁商毅的这些做为，并且还有人上下活动，要求南京朝廷罢免商毅，这也是商毅不受大多数东林党成员待见的一个重要原因。不过一些到浙江经商的商人却都对商毅交口夸赞，虽然他们的意见不能直接反应到朝廷中来，但也能通过各种途径表达出来。因此商毅在南京朝廷中也是毁誉参半的两种评价。
吴甡是一个久历宦海的老官僚，当然分得清楚其中的道理，但亲自到了杭州之后，才发现杭州的面貌确实是涣然一新，远不南京那种充满了腐朽之气的纸醉金迷可比。从这一点来看，商毅或许真的是一个靠得住的人。
这次吴甡来到杭州，一方面是因为商毅邀请，一方面也是意识到南京靠不住了，因此尽早从南京抽身，在变通方面，他确实比史可法灵活得多。不过等吴甡到了杭州之后，却发现浙江地区或许可以真的在南京失守以后，继续抵抗清军，因此吴甡也开始动脑筋考虑以后的事情了。
靠钱谦益、黄宗羲这一批人是肯定守不住南京的，如果能够在南京失守之前，把朱由崧接到杭州来，借助商毅的军事力量，就可以继续以正统的名议号招南方，而自已和商毅的关系，自然可以在新朝中站稳脚跟，也不用再怕别人来和自己争权了，如果朱由崧不幸也失陷于南京立中，则可以考虑另选一个藩王拥立。现在浙江附近的藩王还有在徽州府安置的潞王，和在衢州安置的鲁王，都是可以考虑的人迭。
就在这时，却从南京发来诏书，招商毅出兵，拱卫南京。