在水面上，商家军的海军占有绝对的优势，虽然第四、五分舰队沒有战列舰级的战船，但和清军临时征调的江船相比，绝对还是巨人一级的，而且正好都可以在长江中航行，在火力上更是有压倒性的优势，因此完全可以打一场强攻战，于是商毅也找到海军的统领黄震，商议这次进攻的计划。
而就在商毅正在制定进攻龙山船厂的计划的时候，也收到了成进的飞鸽传书，原来成进己经寻找到了一个战机。
阿济格的大军逼近南京城下之后，付责保护他的侧翼是觉罗巴哈纳，总计兵力约有四万左右，分别驻守在宁国府、高淳、溧水等地，大体呈南北纵列，挡住了从广德通向南京的道路。但总兵力其实还没有商家军的外线兵力多。
当然这也不能怪阿济格，因为进攻南京这样的坚城，必须要集中主力人马，而且按照这个时代的作战常识来说，阿济格也认为商毅一定会集中主力，全力守卫南京，虽然会在外线保留一定的兵力，但也只是起牵制作用，最多也就是一二万人马，这还是因为阿济格听说，商家军非常善于发动奇袭，才布置下了这么多的兵力保卫自己的侧翼，在他看来应该是完全己经足够了。
成进的第一个攻击目标是高淳县。高淳县位于应天府的西南，正好位于固城湖和石臼湖之间，进攻面并不大，觉罗巴哈纳在这里留下了一万守军。但高淳县是清军外线防守的中间点，只要高淳一受到攻击，淸军的整个外线都会受到牵动，也有利商家军利用兵力调度，逐个的击破。
虽然高淳县也存在地势狭窄，进攻面小的劣势，但成进认为只要发挥商家军火力猛的优势，炮步协同作战，拿下高淳县，仍然是有很大的把握的。而且就算是攻不下高淳县，依然可以实施围点打援的战术，如果能够歼灭清军的援军，同样达到了战略目地。
因此成进也计划,这次战斗出动两个师,两个旅、一个骑兵团，总计三万八千左右的兵力，由两个师付责主攻高淳，两个旅和骑兵团付责掩护和打援。而这一战的时间，就定在十二月三十曰，除夕之夜。因为在这一天，人的心理总会比平时放松一些的。
看完了成进攻打高淳的计划之后，商毅也十分满意，这正符合他的要求，即然清军把主力都集中在南京城下，那么在外线也就不用客气了，而且这一战成功的机会几乎是百分之百的。另外自己计划攻击清军的水军，也可以同时发动，在同一时间里，给清军一个真正的重创，而且一但清军的外线和水军同时遭到打击，那么内线一定用有调动，这样一来，自已在内线说不定就能找到战机，形成连续的进攻机会。而且说不定在这一战之后，还可以扭转一下目前危急的局势。
于是商毅也立刻回复成进，让他按计划进行，同时也下令黄震，马上组织船队，准备对清军水军发动的进攻，而时间就定在十二月三十日这一天，也让清军渡过一个特殊的除夕之夜。
布置好了作战的准备之后，商毅才把这一次水、陆两路同时出击的计划分别通知了玄皇教、史可法和吴甡这两方面。当然在最后的结果尚未出来之前，也叫他们不要声张，只有有限的几人知道就行了。
得知了商毅的这一连串军事计划之后，无论是玄皇教主朱师成，还是史可法、吴甡，也都再一次被商毅这种神出鬼没的用兵之术而惊叹不己，也想不到在现在这样危急的局势下，商毅依然还有办法来挽回。他们当然都清楚，这一次两线出击的成功机会都很大，很有可能取得双线的胜利。看来商毅守卫南京，打退清军第二次南侵，也并不是没有可能的。
而同时，史可法和吴甡也告诉商毅，虽然现在清军兵临城下，在除夕这一天的夜晚，皇宫仍然要照例举行除夕夜宴，还要给南京百姓免费发放一些酒食，并且还请商家军派一支人马，举行一个小规模的献俘仪式，其实也就是一次阅兵，而商毅作为现在全南京城的支柱，也是一定要出席，而且这个献俘仪式，自然也由商家军来执行。因此请商毅在这一天做好防守布置。当然在一天也特许商毅带几个卫兵参加晚宴，以便使他可以随时向商家军发号施令。
商毅听了之后，想了一想觉得仍然举行除夕晚宴也并无不可，商毅的重点当然不是在晚宴上，而是在晚宴之前的阅兵，因为在一方面是可以安定人心，一方面也是鼓励文武官员的士气，如果能在当晚收到一份捷报，马上公布，自然就更完美了，因此也答应了下来。