不过商家军显然并没有因为淸军的火炮参战而退缩，依然固守着秦淮河的防线，同时一些火炮也调整角度，向城墙上射击，但因为缺少重型火炮，效果也不显著。同时又向城墙上发射了几个霹雳火箭箱，但因为霹雳火箭的精准度不高，因此不是落到城壁上就是飞过了城头，落到了城外，能够准确的落到城头上，并没有几支，因此对凊军的杀伤力度也不大。
直到这时，阿济格的脸上才稍微有一点缓和，不管怎么说，清军总算是开始挽回局面了，尽管还沒有压倒商家军，至少也是一个好的开始，看来对付商家军，火器确实是一个有效的手段。
随着清军的火炮都被搬到城头上，而秦淮河防线，由其是镇淮桥一带的位置离城墙太近这个弱点，这时也开始慢慢的暴露了出来。越来越多的炮弹落到了秦淮河的北岸，对商家军的杀伤力也在逐渐的加大。由其是在五十架投石机参战之后，效果也就更为明显，投石机投出的当然不是石头，而是清军制造的手雷，其实就是带木柄的空心圆球，将引线点燃之后，用投石机给扔出去，一次可以投出五六个这样的手雷。
虽然有一些手雷落到河水里，有一些虽然落到了对岸，但引线却熄灭了，成功爆炸的，还不到一半，但这样的成绩对于清军来说，也己经是相当可观了，因为清军终于可以把爆炸性的武器打到秦淮河北岸去了。而且随着扔过秦淮河的手雷越来越多，商家军的伤亡也在开始增在，同时防线也终于松动了。
而且和商家军的火炮的准度较高，而且主要是针对清军的阵线和河里的船筏，并沒有故意攻击建筑，而清军仍出的手雷就没有任何准头可言，只能说是扔到那里算那里，因此有不少是落到建筑上，在爆炸破坏之后，还引起了许多的着火点，在这个时候，商家军当然没有精力来救火了。虽然现在的火势还不算大，但这个时代的建筑都是以木质居多，一但蔓廷起来，也就难以收拾了。
幸好是中国古代的城市设计己经有了很高的水平,像南京这样的都城级城市的规化，都会充份的考虑到防火问题，在设计街道时，也都是有意将建筑分割成无数的小片区域，一个区域着火，在一般情况下，不会蔓延到其他的区域。想引发全城性的火灾，除非是在多个地点同时举火，因此到不用担心这方面的问题。
但到了这个时侯，商毅也意识到，秦淮河防线己经守不住了，反正秦淮河也不是南京重点布防的地方，因此现在也是该撤退的时候了。
不过撤退也不是搬起武器，转身就走的，商毅首先下令，首先给各路进攻清军一阵猛烈的进攻，将所有的火炮、管风琴枪全部都打光，同时还向秦淮河南岸发射了三十多个霹雳火箭发射箱，这一阵猛烈的打去，果然又把清军的进攻给打了回去，而且霹雳火箭落到秦淮河南岸爆炸之后，引起了多处的建筑着火，也使清军纷纷后退，同时也户生了大量的硝烟，而在这个时候，商毅才下令后退。
首先是由防守河岸的守军先退，然后才是守卫桥头的士兵，依次而行，丝毫也不乱。同时商毅也下令到御河防线的段鹏，让他也立刻撤退。
不过在聚宝门上观战的阿济格却看得十分清楚，并且很快也己经发现了商家军的意图，因此立刻下令各路清军，赶快追击商家军，再可不能给他们从容布置阵线防守了。力争一鼓作气，将商家军彻底的击败，全面占领南京城。同时阿济格的心里，也着实的松了一口气，攻破了秦淮河防线，可真不容易啊。
阿济格的命令虽然传下去了，但因为其他战线的远近不同，最先接到命令的，自然还是进攻定淮桥的部队。因此接到命令的清军也不敢怠慢，尽管硝烟弥漫，看不清对岸的情况，但还是举起兵器，又冲杀到了秦淮河边，当然冲锋的有火铳兵，也有其他的士兵。
等冲上了镇淮桥头之后，清军果然没有发现商家军开枪射击，而且这时雾烟也薄了一些，可以看见守卫桥头的商家军士兵已经转身向南京的城区深处逃走了。而在北岸的挢头上，只留下先前用家具建立起来的防守工事,再也沒有守军了。
见商家军真的放弃了镇淮桥头，这一下淸军们顿时都来了精神，一个个脚步加紧，迅速的冲过了镇淮桥，这些简易的防守工事当然是不可能挡住清军，被清军刀枪齐上，手推脚踢，不一会儿时功夫就全部给推倒了。
而在聚宝门上观战的阿济格的睑上,也终于露出了一丝笑意。