看完了杭州发来的报告之后，商毅也不禁有些哭笑不得，局势发展得果然如自己预计的一样，南方各地都在拥立明室的藩王，现在只是两个，但恐怕马上就会有第三个、第四个出现了，只是大明都已经混到这个份上了，大臣们居然还不忘争权夺利。也不知道是可笑还是可悲。
不过这样的局面也好，因为商毅根本就不打算在杭州拥立某一个明室的瀋王，如果潞王、鲁王真的有人愿意来杭州，还是个大麻烦，这可不是香饽饽，而是个烫手的山芋。当然就算他们中侚有人真的要来杭州，商毅也有办法推脫。
因此商毅也立刻给叶瑶瑱回信，以自己还在南京，不更回复为借囗，对两派的人员都不作明确的答复，一切都等自己回到杭州之后再说。反正南京也差不多守不住了，估计也就是十天左右，自己就要放弃南京，回到杭州。但对两派的使者都要一视同仁，如果他们愿意等着自己，那就好好招待，都不要得罪。
刚刚把信送走之后，段鹏就急匆匆的走进了商毅的办公室，急声道：“大人，镇江失守了。”
商毅也不禁吃了一惊，镇江是郑鸿逵驻守他是知道的，虽然说清军有可能会绕过南京去攻取镇江，但因为镇江在南京的下游，只要清军的兵马调动，一定躲不过商家军的探子，一但发现清军有向镇江移动的迹像，商毅就会立刻出兵，从清军的背后发动进攻，商毅对镇江也比较放心。因此商毅也道：“镇江怎么突然就失守了呢?我们发现了清军的动静吗？”
段鹏道：“不是围攻南京的清军进攻的镇江，而是吴三桂的人马，他们从仪真渡江，攻取了镇江。”
原来吴三桂在江浦渡江失利之后，知道商家军在水面上的优势，于是想出了一计，他故意率领大队人马向西行进，似乎是想在南京上游远一点的地方在找渡江的地点，但却在仪真留下一支人马，由部下的大将马宝率领，趁着商家军的注意力都集中在南京的上游，悄悄的在仪真渡江。
吴三桂的算盘是：如果商家军发现了这支在仪真渡江的人马，必然会派水师来攻，这样自己就可以在南京上游找机会渡江，如果商家军沒有发现这支人马，那么马宝渡江之后，就直取镇江。就不信商毅的后路遭到袭击之后，还能够在南京稳守。
原来守卫镇江的是郑芝龙手下的大将郑鸿逵，但南京城破之后，郑鸿逵放弃了镇江，逃回到了广东，因此现在的镇江根本就是一座空城，因此马宝兵不血刃就攻占了镇江。
得知了镇江失守的过程之后，商毅也不禁责怪自己，确实是太有些大意了，同时也对吴三桂颇为佩服，确实是这个时代少有的名将，这招声东击西果然玩得不错。虽然镇江失守，对南京并不造成太大的危胁，但如果清军真的绕过南京，向苏州、浙江地区发动进攻，那可就遭了，幸好是在十天以前，李岩在吴锡、江阴两地派出了一个师驻守，因此至少可以保住苏州不失，但现在确实是该放弃南京的时候了。
不过这时运送最后一批百姓的船队己经从南京出发，至少要等到三天以后，船队才能再回到南京来。第五分舰队担任护航任务，现在留在南京的，只有第四分舰队，不可能一次把南京的三万六千多兵力全部远走，因此商家军还要在南京守三天。当然现在清军仍然龟缩在皇城里不敢出来，守过这三天应该是没有问题的。
于是商毅首先向成进下令,让他立刻放弃除了广德府以外的溧水、溧阳、高淳等南京外围的地区，退守到湖州府西北的苦岭关、四安镇、长兴一线，同时向吴锡派驻一个旅的兵力，准备依托太湖，保护苏南和浙北地区。
随后商毅又下令招集杨武丞、段鹏、李定国三人开会，在会议上，商毅也告诉他们，只等船队再回到南京，就立刻撤离，返回浙江。但现在还不能把这个决定告诉士兵，而且毎天仍然要像前几天一样，向皇城进行炮击进攻，不让清军有一点察觉，然后神不知鬼不觉，撤离南京。
杨武巫和段鹏领令离开，商毅又单独留下了李定国，道：“鸿远，我有一个很艰巨的任务，想要交给你来执行，不知道你愿不愿意去做。”