当然商毅也知道，想要安定人心，光靠嘴说没用，而制定再严厉的规定也只能顾全一时，最重要的是打几个胜战，鼓舞浙江地区的士气，増加信心，也可以抵消南京失陷的不利影响。因此在会议结束之后，立刻又招集**部的人员，开始布置军事计划。
**部本来有三个人，是李岩、吴汉生和周琦，商毅又决定，把王夫之也曾选进**部来，这样王夫之将同时兼任**部和行政部的职务，也有利于以后两个部门的工作协调，毕竟在现在这样的全面战争期间，军政合一才能够更好的发挥作用。
现在浙江地区的防守主要是在西北面，以太湖为核心进行防守，由戍进的第一军付责，指挥部设在湖州，在太湖北面的无锡和江阴一线，布置了第一旅，和新编的第十步兵师，另外还有九师剩下的二个步兵团。而在太湖南线，以第一师守广德府、第五师守宜兴，其由的部队都驻扎在湖州，做为机动兵力。而第四、五分舰队的驱逐舰和护卫舰，还有中小型铺助战船，都驻入太湖驻守。
杨武丞和段鹏的第三军现在暂时驻守在杭州，骑兵师也都重新回归到第三军的编制中，但李定国的第九师则脱离了第三军，因此现在第三军只有一个骑兵师，一个步兵旅和一个特种兵旅。
这时吴三桂和尚可喜的主力部队都已经聚集到南京附近，清军的总兵力己经超过了二十万，因此保卫浙江也面临着很大的压力，因此商毅也做出决定，把新编的第十师，划归到第一军的编制中，新编第十一师划归到第三军的编制中，以増强兵力。
而相对来说，在吴三桂南渡以后，江北的圧力却大大减轻了，罗远斌的第二军休整了半个多月之后，也把损失的兵源补齐，而且又有周少桓在鲁南的策应，完全有能力向清军发动一次进攻，因此**部也决定，把打破目前的僵局，掌握战争主动的重点，也放在江北战场上。罗远斌立刻从扬州出兵，首先收复仪真，解除清军对扬州的最大危胁，然后在滁州、盱眙、淮安府这三地寻找战机，或消灭清军的有生力量，或夺取城池地盘。在江北战场打开局面。而在鲁南一线，周少桓也己沂州为基地，进攻淮安北部的宿迁、海州等地，牵制清军的兵力。
同时商毅还决定，将新编的第八旅和第九旅，都调往江北，划归到第二军的编制中，增强第二军的兵力，保证江北战场的战斗。
而在江南战场，目前暂时巳防守浙江安全为主，牵制住清军的兵力，并且等待着李定国在湖北开避敌后战场后消息。同时商毅也向李岩提出，把李牟调到九师，出任九师的参谋长，准备派驻到湖北，协助李定国完成开避敌后战场的任务。因为当年李岩兄弟追随李自成的时候，曾在湖北驻扎了一年的时，不仅对湖北的地理情况十分熟悉，另外在湖北地区还散发着不少大顺军的余部，李牟也帮助李定国，招降这些人为自己所用，也有利于商家军在湖北地区开展工作。
经过了这几年的战斗，在商家军也成长起来一批年轻的将材，基本都能够独当一面作战，现在缺乏的是既懂军事，而又有大局眼光的战略之材，在这方面只有李岩能够帮助能够帮助商毅。
在另一时空里，李自成败出北京，退回到关中之后，李岩就曾向李自成建议，孤守关中一隅，绝不能长久，因此自请提两万大军，进入河南，聚集遗留在河南的大顺军余部，然后就地抵抗清军，与关中遥相呼应。这确实是一个站在全局立场去考虑大局的战略性意见，不仅可以使当时的大顺军扩大根据地，还能减轻关中一带的军事压力，如果李自成当时釆用了李岩的这个建议，或许还能够稳固住关中河南一带，与清军抗衡，至少也能多支持几年。
可惜正是这个建议给李岩带来了杀身大祸，因为李自成怀疑李岩有拥兵自立之心，因此在牛金星的挑动之下，杀死了李岩，在后来清军全力进攻关中，大顺军果然无力抵抗，只得向湖北败逃。
而商毅虽然是以浙江为基础，但战略布局显然并拘限于浙江一地，在经营浙江的同时，也不忘建立山东战区，同时组建海军保持和山东战区的联系，而现在又打算趁着清军后方空虚，在湖北开避新的战区，形成江南主守、江北主攻、鲁南策应的局面。当然是极为高眀的战略眼光，虽然这个决定并没有通过**部，但去得到了李岩的极力称赞，认为商毅的这一决定十分高明的战略布置，因此也十分支持。