不过在这样的情况下，清廷恐怕很难拒绝三个汉族降将的请求，因为一担把他们逼急了，清廷也怕他们会倒戈一击。如果清廷真的把吴三桂、尚可喜、耿仲明三部人马调去平定南方边远地区，对商毅来说，当然是大大的好事，至少在短时间内，三名降将不会和商家军正面冲突，因为他们也需要商家军的存在，来牵制清廷。
只有最后一条让商毅感觉到有些压力，要说清廷对南方危胁最大的人，既不是任何一名满州权贵，也不是三名降将中的一个，恰恰就是这个洪承畴。因为洪承畴本身就极具军政两方面的才干，而且又是明朝高官出身，熟知官场的各种规则，了解汉人的思想观念，懂得怎样消除汉族人的反抗心理，更为重要的是洪承畴是文官出任武职，这就决定了洪承畴的权力再大，也无法建立起一支属于自己的私军，因此清廷也可以对他完全放心。在另一时空里，帮助清廷彻底扫平南方的，正是洪承畴。
当然这并不就表示商毅害怕洪承畴。在江淮战役中，商毅也和洪承畴交过手，无论洪承畴的能力有多强，毕竟还是没有脱离这个时代，而且他洪承畴的满清这一方，致少在这个时候，没有人认为满清取代明朝是历史发展的趋势。只要南方有一支能够真正扛起抗清大旗的力量，清廷想要统一中国，就不会那么容易。
不过情报并不仅仅只限于北方，南方同样也有大量的信息反应到商毅这里来，鲁王朱以海从处州逃离之后，躲到了福建建宁府。
而福建本是郑芝龙的地盘，郑芝龙扶助唐王朱聿键称帝之后，得知鲁王一行逃到了建宁府，立刻派出使者来面见鲁王，要求鲁王削去监国的称号，并向朱聿键称臣。而朱以海这边自然不会同意，相反还杀死了朱聿键派来的使者。
郑芝龙得知自己派出的使者被杀以后，也勃然大怒，派兵进攻建宁府。但朱以海一行也知道他们不会善罢甘休，逃出了福建，进入了江西省。
在赶走鲁王之后，朱聿键下改元隆武，封郑芝龙为平国公加太师，掌握军政大权；郑鸿逵进定国公，郑芝豹为澄济伯，郑彩为永胜伯，并赐郑芝龙子郑森“朱”姓，改名成功，郑氏一族都官居极品。同时将拥戴自己的福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝等二十余人封为大学士。并集廷臣议抗清战守，提倡躬行节俭，以裕兵食。而且朱聿键自身也亲自带头，不御酒肉，不备金玉，只用磁瓦、铜锡之类。宫中除了皇后之外，没有妃嫔。执事者只有三十余人等，俨然是一付颇有所作为的样子。
同时湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡，两广总督丁魁楚等地方大员也都向朱由榔表示奉立之意。这一来朱聿鍵在名议上己经拥有福建、广东全境，湖广、江西大部，广西部份时地盘，号称拥有人马三十万余人，一直声势也颇为浩大。
鲁王朱以海逃出了福建之后，来到江西抚州安据，招集人马，潞王败亡之后的余部方国安、王之仁等人也都纷纷纷来投，因此也聚集一万五千多人马，又趁着清军和浙江对持之际，攻占了南昌、临江、建昌等地，暂时在这里驻扎了下来。但声势要比朱建聿小得多。
而另一位明朝的宗室桂王朱由榔，由广西巡抚瞿式耜等人迎请到肇庆称帝，并改元永历，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，势力占领了广西全境，云南、贵州的部份。
不过南明三帝能够在南方站稳脚根，还是由于有商毅在浙江牵制着清军。但令商毅感到满意的是，南明三帝的情况都能及时的反应过来，说明南方的情报工作也展开的很不错了。