就在商毅和郑成功达成浙江、福建两省互相协作抗清的协议时，洪承畴一行人也到达了南京。不过在来南京之前，洪承畴首先到达归德府，见到了豫亲王多铎，向他传交了多尔衮的命令，并给多铎加平南大将军衔，给阿济格加扬威大将军衔,并且请多铎随自己一起渡江，到南京主持大局。
因为这一次洪承畴到达南京之后，首先的任务，是要调阿济格北还，那后才能重新整顿清军。但尽管现在洪承畴大权在握，有便宜行事，先斩后奏之权，但这些东西对阿济格来说都没有，只有把多铎带上，才能制得住阿济格，同时也能稳住江南的清军。而且现在清军的重心在江南，阿济格北还之后，多铎肯定是要到江南去坐镇的。
看了多尔衮的诏书之后，多铎也清楚兄长的用意，而且他也对阿济格冒失的对吴、尚二人的处理非常不满，因此也把归徳府的事务料理了一下，命正黄旗固山额真谭泰代替自己驻守归德府，主管江北的军务，命正白旗固山额真阿山驻守徐州，以防鲁南的商家军。贝子尚善驻守凤阳，牵制扬州的商家军。然后带着贝勒尼堪、镶黄旗固山额真尹拜图，伊尔德、阿济格尼堪等人和洪承畴一起渡过长江，来到了南京。
见到了阿济格之后，洪承畴也宣读了多尔衮的诏书。阿济格一听要调自己回去征讨蒙古苏尼特部，立刻就火了。虽然说被加了扬威大将军衔，但谁都知道，让他从南京回去，征讨蒙古，其实就是一种变相的惩罚，因此心里当然不舒服，听完洪承畴宣读之后，立刻道：“我辛辛苦苦打下了南京，没有功劳也有苦劳，凭什么让别人来捡现成的果子，还要把我派到蒙古去喝西北风。我就留在南京，那儿也不去。”
多铎声色俱厉道：“十二哥，你这是说的什么话，打下南京是你一个人的功劳吗？再说你打下南京之后，又弄成什么样子，自己心里也清楚，差一点就把吴三桂他们几个逼反了。现在蒙古苏尼特部叛乱，派你去平定是给你一个将功赎罪的机会，又怎么不行呢？而且这是十四哥下的命令，你有什么不满，就回北京去和十四哥说去，留在南京不走，是什么意思。”
兄弟两人互相怒目而视，对看了好一会儿，阿济格也不禁有些泄气。因为多尔衮和多铎关系好一些，争执起来的时侯，两人总是站在同一战线上对付阿济格，因此在他们兄弟三人中，虽然阿济格是老大，却总是争不过两个弟弟。而且阿济格虽然作战勇猛，但脑子并不好使，以前没少吃皇太极的暗亏，也习惯了凡事都听两个弟弟的意见，这时虽然发了一通脾气，最后还是老老实实的听命。开始和洪承畴、多铎办理交接手续。
洪承畴见说服了阿济格，也放心了不少，让多铎与和阿济格办理交接，当然被抓的潞王朱常淓己及其他的明室宗族，还有南京降清的大臣们，也都随阿济格一起去北京。而洪承畴又立刻下令，招吴三桂、尚可喜、耿仲明到南京来入见。
这时吴三桂还驻军在宁国府，现在也是左右为难，骑虎难下。
自从和尚可喜、耿仲明联名上书清廷，请求领军取南方各地之后，其实吴三桂也有几分后怕，虽然三个人约定了攻守同盟，而且也做好了最坏的打算，如果实在没有办法，三人也决定，干脆举兵向商毅投降算了。因为他们也都知道，商毅曾经收降过李成栋。应该对自己请降不会拒绝，而且自己还可以用帮助商毅收复南京来做为晋见之礼，也算是交了头名状了。
不过打算得虽然很好，但从心里来说，吴三桂可还是不想和清廷反目，谁知道投降商毅会有什么结果呢？而且吴三桂心里也清楚，虽然都是降将，但自己可不同于李成栋这样半途投降的小角色，自己是引清军入关的关建人物，商毅能接纳李成栋，但未必能够接纳自己。
如果到时候自己和清廷反目，商毅又不纳降，那可就只有死路一条了，因此吴三桂也觉得自己就像是走有一根钢丝上一样，战战兢兢。甴其是奏本发出之后，差不多有一个月了，还没有任何回音，吴三桂也越来越焦虑，只好每天都在计算，清廷会怎样处置自己，是会同意自己的要求，或者是和自己反目。
现在自已和尚可喜、耿仲明三人合兵有二十多万，清廷应该不会轻易和自己反目，但凡事都有万一，谁知道那帮满人怎么想呢？虽然降淸的时间不长，但吴三桂也知道，有不少满人都是十分排汉的。