跨海突袭舰队出航之后，商毅也回到杭州，开始布置江北、江南一带的战斗。
这时商毅己经收到了湖北战区收复蕲水县的消息。而对第六军准备首先攻打黄州的决定，商毅也并没有任何异议。其实一般在绝大多数的情况，商毅都不会轻易干涉前线指挥人员的意见，因为商毅清楚，后方干涉前线的指挥战术，是兵家大忌。再有才能的名将，只要不是亲自在第一线指挥，那么对战场情况的俱体了解，就肯定比不上前线的指挥人员，因此与其胡乱指挥，不如充份相信前线指挥人员的能力。而且以自己现在的身份，过多的干涉，也会影响他们在部队里的威信。
而另一方面，从全局来看，收复南京的战役己经启动了，湖北战区也是其中重要的一环，主要的责任是吸引清军的兵力，分散南京战争的压力。这也是商毅当初开避湖北战场的初衷，而从现在收到的消息来看，清军也确实准备集中大量的兵力，向湖北战区再度发动进攻，因此从这个角度来看，第六军进攻黄州，无论能不能成功，都将迫清军启动进攻湖北的军事行动。这样一来，在江南战场上，浙江方面也将正式对南京发动进攻。
因此商毅立刻回复李定国、李岩等人，表彰了攻取蕲水县的胜利，同时也要求他们在进攻黄州的同时，也要做好充份的准备，迎战清军的大军。
收到了商毅的回复之后，李定国也立刻下令起兵，进攻黄州。
这次进攻黄州，李定囯出动了两个师，一个旅的兵力，希望能够一举攻下黄州。但战斗的进程却有些出乎李定国的预料。
因为这时守在黄州的尚善也收到了洪承畴和多铎下达的死命令，必须守住黄州，否则所有将领全都斩首。这时在黄州城中的淸军约有二万七千左右，其中满汉旗军约有一万二千人，都是在第三次进攻湖北的败军，主要的将领有蓝拜、阿哈尼堪、马光辉、李思忠、刘良佐、刘泽清等人。拥有各种火炮近百门，其中红衣大炮有二十门，霹雳火炮三十门，另外还有四千多名火铳手。在第三次征剿湖北的战斗中,刘泽清犯下了大错,本来己被革职,但现在正是用人之际,因此尚善也让刘泽淸带罪立功。
尚善在城中向众将宣布，死守黄州，不许后退的命令。同时也抽调人手，组成了执法队，凡事敢临阵脫逃，守城不力者，一率斩首。黄州城的南面靠着长江，因此只用驻守东西北三面，而尚善也下令，将东西两面的城门堵死，只留南北两西的城门出入，同时又把南城外的船只全都驶到江南停泊，在江北不留一艘，这样也彻底断绝了守军的逃生之心。
而且趁着商家军修整扩编的这二十几天，清军也没有白白lang废，也抓紧了难得的时间,加强黄州的城防。在东西北三面的城墙上，都建造了许多炮台，并且制造了大量守城的工具器械，还拆毀了数百间民房，而拆下来的木材、石料、瓦片等物，也全都用来守城。
同时尚善也做好了和商家军打巷战的充份准备，在黄州城內的街道上也层层设防，俢筑了大量的防御工事，箭楼、堡垒等等，在城內也形成了两道防线，就算黄州的城墙被商家军攻破了，清军也同样可以依托城内的工事抵挡商家军的进攻。
最让人感觉到意外的是，尚善居然在最有可能受到商家军攻击的北门掘出了二道战壕，相隔约有十丈，并且也用泥土布袋在战壕边上垒成矮墙，并且把火铳兵和一部份弓箭手放在第一道战壕里驻守，到是把商家军的这一战术学了个七八成。但不同的是，在第二道战壕里，派遣了一部清兵驻守，准备等商家军攻到战壕边之后，与商家军进行白刃战。而所有的火炮则全部都放在城墙上。
虽然尚善和商家军交手过几次，也吃过这种战壕防守的大亏，但轮到自己使用战壕防守，心理也没有多少底，毕竟也只是依样画葫芦，而且清军的火枪比商家军也差了好几个档次，因此真正学会了几成，又能够发挥多少作用，连尚善自己都不清楚，反正现在也没有别的办法了，只看见商家军用这一套用得是很顺手的，只好是病急乱投医，不管什么招，也都先用一用再说。就算不好使，最后也就是再退回到黄州城里来防守。
李定国也沒有想到，清军居然也学着商家军，挖战壕防守，虽然只是在一面布置了战壕，但黄州的北城确实是最适合发动进攻的地方，因此只能从这里开始进攻，无论清军把这一招学得怎么样，但如果不首先攻破战壕，也就无法直接攻击黄州的城墙。
于是就在九月二曰，商家军开始黄州城发动进攻。