苏建林想赶到北门去找多铎，但还没等他出了玄武门，驻守北安门的清兵就己退到了皇城里面，苏建林也无法赶到北安门去寻找多铎，而是立刻与败退回来的清军展开了战斗。
而这时在东安门，清军也向商家军发动了一次反击，为了掩护多铎逃走，虽然明知不敌，但屯齐还是带领人马，向攻进东安门的商家军发动了进攻。
但这也是在南京皇城里发生的最后战斗。
但这时谁都看得出来，清军的大势已去，只不过是垂死挣扎而已，清兵的斗志也十分消沉，两边的抵抗都没有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家军都己杀入了皇城，正在皇城里全面展开对清军的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死”的喊叫声，而清军在皇城里四处流窜，尽力躲避商家军的追击。除了一小部份人还继续负隅顽抗之外，大部份的清兵都选择了投降，也包括相当一部份满旗清兵。
毕竟除了少数的皇族宗室以外，大多数的满旗淸兵其实也是普通人，一开始守卫南京时，还有殉城、战死、为国尽忠的决心，但在经历了几天的激战之后，就是意志最坚定的满旗清兵也身心俱疲，面对着商家军黑洞洞的枪口和雪亮的刺刀，也都没有抵抗之心，纷纷扔下武器，举手投降。
而率领清兵向商家军发动最后攻击的屯齐，在战到最后，本打算自杀殉国，但被商家军的士兵一拥而上，打掉了用来自杀了佩刀，结果被商家军生擒活捉，成了俘虏。
商毅是在十六日清晨进入南京，这时皇城里的战斗己经基本结束了，士兵们正在清理皇城里的战场，扑灭燃烧的火焰，并且收容降兵和俘虏等等工作。不过在皇城外面，零星局部的战斗还在进行着，因为南京城实在是太大了，而且这时人口稀少，让清军有足够的空间躲藏，同时还有一部份清兵逃出了南京，在城外流窜，也给商家军的清尾工作带来了一些困难。等到全面肃清南京城里的清兵，己经是三天以后的事情了。
但这一切都不足以改变大局，整个南京地区这时也都已经被商家军全面收复。而这时距离商毅从南京撤离的时间，己经过去了十个月。
这次进攻南京的战斗一共进行了五天，商家军一共战死了二万四千一百七十三人，伤一万三千六百二十二人，而歼灭清兵四万一千三百八十八人，俘虏竟多达四万八千四百一十七人，这还不算被清军临时征调来的民兵。
这些民兵还剩余三万多人，经过鉴别之后，全部都释放了。其实鉴别起来也非常容易，只要是说得一口流利的南京话，基本就能够证明是被清军临时征调来的南京人，也可以被释放。当然也有一些不会说南京话，但也自称是民兵的，只能先关押起来，以后慢慢分辩。
另外在战斗结来之后，还缴获了清军的战马七千余匹，各种火炮二百二十七门，火铳六千三百七十七杆，盔甲刀枪旗帜更是不竍其数，还有粮食十万余石，白银六十万余两等等其他物资。因为清军并沒有来得及把所有物资都运走。只是被清军俘虏的明朝官员，宗室等人都被转移北上。
商毅和亚莉桑徳拉一行人马是在成进的陪同下，跨乘着骑在高头大马，沐浴着清晨的阳光，以胜利者的姿态，从承天门直接进了南京的皇宫。沿途的士兵看到商毅的一行人，也都纷纷停下来，向商毅行礼，还喊着：“督师”或是“商督师”。而商毅在大马上，也向他们一一还礼，也道：“大家辛苦了。”
穿过了承天门之后，商毅骑在高头大马上，左右看着南京的皇城建筑，虽然这不是商毅第一次进南京的皇宫，但这一次的感觉和以前那一次都不一样，因为这个时代的南北二都之一的南京，如今己经完全在自己的掌握之中了。因此心里也充满了自豪感。
亚莉桑徳拉和商毅一起进过北京的皇宫，但南京皇宫却还是第一次来，因此在马上也是左顾右盼，虽然战争留下的痕迹仍然十分明显，有部份建筑甚致都己经被烧毁，但依然掩饰不住皇城的优观华丽和威严气氛。
通过了午门，也正式进入了南京紫禁城，可以看见在正前方屹立的太和殿，亚莉桑德拉也不禁叹息道：“商，我还以为北京的皇宫己经是这个世界上独一无二的了，但南京皇宫看起来，似乎一点也不比北京的皇宫差。这样壮观的皇宫有一个就已经是奇迹了，在你们的国家里居然有两座，简直是太不可思议了。”
商毅呵呵一笑，正要说话，这时在太和殿前忙着清理战场的士兵也都纷纷停了下来，拥到商毅一行人的进前，纵声欢呼，有的喊着“督师威武”也有人喊“督师万胜”。而商毅也努力模仿着在影视剧看到天朝太祖的光粹形像，在马上向两侧的士兵们挥手致意。
就在这时，也不知谁大声喊了一句：“督师万岁。”
人群中都稍停了一下，但马上就有人附合起来，跟着大喊“督师万岁”“督师万岁”。随后，其他人也都加入了欢呼声中，不多时整个皇宫里都形成了一个统一的声音，全部都是“督师万岁”。