原来丢失了湖北之后，济尓哈朗退守到南阳，这个时候他己经完全明白，自己根本不是商家军的对手，湖北、江淮本来就是守不住的地区，自已被派南下督师，根本就是自找罪受，反到是替多尔衮承任了这次失败的罪名。因此济尔哈朗也是又气又恨，但心里也明白，自己想借南征惨败来扳到多尔衮的计划，己经彻底失败，在连失湖北、江淮之后，自己想取代多尔衮是根本就不可能的事。于是也主动上奏朝廷，为自己这次失败请罪，并表示自己愿意退归林下，永不问事。其实就是向多尔衮认输了。
等济尓哈朗的请罪奏章送到北京时，多尔衮还在称病不住，仍然是由代善代理摄政王事，而回给济尔哈朗的旨意中，并没有批准济尔哈朗的请辞，只是将他责备了一番，但命他立刻开始布置守卫江淮。不过在圣旨的最后，说得十分含糊，只说江淮之地，可守则守，不可守弃，一切可以便易行事。
济尓哈朗一看就明白，这是朝廷准备要放弃江淮，但又不愿担这个责任，正好可以把丢失江淮的责任推到自己这个替死鬼的头上来。不过事情到了现在这一步，也没有别的办法，反正己经失了湖北，只能再当一会替罪羊了。因此济尔哈朗把南阳的事情交给勒克徳浑，自已来到凤阳，开始着手布置撤军。
果然清军连失湖北、江淮的结果传回北京之后，整个清廷也再一次被震惊，而且这一次不同于南京失守和辽东被袭，南京毕竟是远在江南，至多是不会让清廷统一天下，而商家军对辽东只是突袭，不会长久。而湖北、江淮地区则不同，它们都是位于中原腹地，不仅是江南的屏障，同时也是北方的外层前沿，一但湖北、江淮失守，中原、关中地区也就将直接面对商家军的兵锋。而接下来,就是京师。
尽管湖北和江淮失守，不一定就意味着京师不保，但照这样的势头下去，谁敢保证，商家军不会一鼓作气，一直从南京打到北京来呢？
而且还是屋漏又遭连夜雨，商家军就够让人揪心的了，偏偏又在这个时候，吴三桂从四川发来奏章，向朝廷报告四川的战事情况，吴三桂也表示，现在川中基本平定下来，自己麾下己经拥有三十万大军，留在川中也无事，因此也愿意听从朝廷的调遣，出川和商家军作战。
朝中的大臣谁看不出来，吴三桂那是向朝廷请战，分明就是在威胁清廷，要不然干嘛宣称自己有三十万大军呢？
就在第二天，四川又有公文传到北京，不过这次不是吴三桂写来的，而是四川的地方官员，以及清军的将士们联名向朝廷发来的上奏，称四川初定，还有明朝、大顺军、大西军的残余势力尚未肃清，而且在外又有商家军在湖广虎视眈眈，四川尚不安稳，现在唯有吴三桂才能坐镇四川，才解够力保川中稳定，因此希望清廷让吴三桂留守四川，开府理事，不可轻易调离。
原来现在吴三桂己经占领了川中和川南的十二个州府，拥有四川大半地区，而且两个主要的大郡，成都和重庆也都在吴三桂的控制之中，同时人马也扩展到十五万左右，现在也是坐镇一方的割据势力了，吴三桂当然不想再继续受制于清廷。
而就在这时候，商家军已经占领了湖广，和四川东部全面接壤，吴三桂也大吃一惊,急忙派兵加强川东的防守。不过商家军暂时还没有对四川用兵的意图，而是把目标放在江准，因此在占领了湖广之后，也就按兵不动，没有继续向西进攻。
商家军不动，吴三桂更不敢主动向湖广进攻，因此双方各守边界，到也相安无事。而吴三桂却忽然发现，这是好机会，因为虽然自己占领了四川大部，但毕竟没有得到清廷的正式认可，而现在吴三桂也不敢轻易甩开清廷，立马扯旗自立。而商家军夺取湖北，又进攻江淮，可够清廷受了，现在的清廷一定沒空理会别的事情，自已还不趁机抓住这个机会，迫使清廷认可自己占领了四川这个事实，还等什么。
而且现在商毅的势力己成，只要他能够和清廷这样对持下去，也就不用怕清廷来对付自己，还可以夹在两大势力之间，左右逢源，等他们拚个两败俱伤，说不定还能来个渔翁得利。因此吴三桂才捣鼓出这两份公文发到北京来，同时还把自己的兵势夸大一倍，己璔加威吓的效果。