张煌言等人对这样的结果当然都不满意，他们希望的是商毅领军杀进广州来，把尚可喜灭掉，把朱以海接到南京去。但现在的决定权在商毅手里，他不愿动手，谁也没有办法。而且不管怎么样，这次自己能够脱离牢狱之灾，也确实多亏了商毅出兵。有了这一次教训，尚可喜大慨也会老实一点。
而对于永安朝廷决定派张煌言、尚之言为使，到南京去和商毅面谈，张煌言也觉得还有机会，自己到了南京，可以当面劝说商毅，因此也没有反对。
其实商毅根本没打算接皇帝到南京来，官员来才是他需要的，而商毅真正的目地，是想招开一个四方会谈，协商制定出一个处理南方各朝廷之间的公约秩序，这样不仅对南明三朝有一定的约束力，而且自己出兵打那一方，也有条约依据，并不是以下犯上。
现永安朝廷这一边总算是搞定了，商毅又向绍武、永历这两个朝廷再次发去文书，仍然是请他们去南京继位，如果皇帝去不了，可以派大臣为使，到南京去商谈抗清，以及南方各朝廷之间的相关事务。
绍武朝廷的掌权者，首辅苏观生在郑成功的坚持下，也终于同意，毕竟只要是把皇帝篡在自已手里就行了，派几个大臣去到没关系，大家一起坐下来谈一谈也好。现在三个南明朝廷并立，大家都以正统自居，这也是事实，互相之间的关系处理，确实应该有个说法。于是首辅苏观生也决定，派一文一武两人去南京，文臣是顾元镜，而武将是郑成功的叔叔郑鸿逵。
不过在永历朝廷里，却多了一些波拆，其实在三个南明朝廷中，永历朝廷的实力最雄厚，绍武、永安都只有一省之地，而永历朝廷占有广西全境，贵州大半，云南的一部份，地盘是绍武、永安两个朝廷的总和。而兵力也有马进忠、王进才，郝永忠，曹志建，焦琏、刘承胤、曹志建、黄朝宣，滇营赵印选、胡一青等十余部，多则过万，少则数千，总计也不下十万。只是统帅何腾蛟驱众无能，指挥不动这些骄兵悍将。
而造成永历朝廷武将专扈的局面，党争也有相当的推动作用。南明三朝中，以永历朝廷的党争最为激烈，一开始有楚党、吴党之分，楚党是內阁大学士瞿式耜为首，成员其主要成员有左都御史袁彭年、礼部侍郎刘湘客、吏科给事中丁时魁、工科左给事中金堡、户科右给事中蒙正发，号称“五虎”。并以何腾蛟为外援，而吴党是以阁臣朱天麟、吏部侍郎吴贞毓、庆国公陈邦傅、司礼监马吉翔、给事中张孝起、李用楫，王化澄、万翱、雷德复，程源等人。
在一开始，楚党的外援何腾蛟掌握重兵，因此楚党气势大盛，但何腾蛟先败于清军，再败于商家军，威势大跌，又管不住手下的各路，于是被吴党有机可趁，纷纷拉陇何腾蛟手下的部将，逐渐挽回了局面，但也助长了丘八的骄悍气焰。
其中有人是为争权利，也有人是实实在在想为抗淸大局做一些事情，但因为身在局中，也不可避免的卷入到政治斗争中，因此关系错综复杂，盘根错节。但双方你争我夺，斗得十分激烈。而商毅的公文，也成为双方斗争的一个焦点。
因为楚党属于执政党一方，当然不愿把皇帝交出去，而吴党是在野党，本着敌人反对的事我支持，则极力赞同，当然也有一部份人是出于公心，认为把皇帝送到南京去，有利于抗淸大业。但不管怎么说，双方都是针锋相对。
不过随着永安、绍武两个朝廷都派出官员去了南京，吴党也趁机发动猛，而楚党的外援何腾蛟也不给力，声势也下降了不少，渐渐有些抗不住吴党的进攻。好在是可以先派官员去谈，因此瞿式耜也决定派出两名官员去南京，看能谈出个什么来。
而为了争夺这两个名额，双方又经过了好一番争斗，最后楚党、吴党各占一个，楚党派出的是吏科给事中丁时魁，吴党的人选是吏部侍郎吴贞毓。
就这样经过了反复拉剧之多，南明三朝的官员终于全部都在南京汇集，在商毅的主持下，招开南京四方会议。而这时的时间己经到了顺治四年（1647年）九月，商毅一直等待的琉球局势，终于发生了巨大的变化。