虽然顾家巳经衰弱了，但当初白纸黑字，压据收条都写得清楚，叶方恒也知道这官司打到苏州府去，自己八成要输，而且现在是商毅当政，各地政府到不敢乱来，行贿恐怕也不好使，于是也来了一个先发制人，到苏州去告称顾炎武是永历朝廷派到南京地区来的奸细。
正好顾家有一个家仆世奴叫陆通，随着顾炎武把地抵押给了叶方恒之后，他也随地一起，到了叶方恒家里，成了叶家的家仆世奴，受叶方恒的指使，出面指证顾炎武。
这个罪名当然不小，苏州府里也不敢怠慢，立刻派人到顾炎武家里搜查，而且这两年顾炎武确实在广西、广东、福建一带活动，并还做过几天小官，回来的时候也带了不少书信，结果苏州府一查，把这些书信全都查了出来，而且顾炎武也确实是从广西回来，又有家仆指证，这下人证、物证都齐了，于是马上将顾炎武抓了起来。
顾炎武被抓之后，家人亲友也都急忙想办法营救，其实现在的司法部门真得还很守规据，到不敢胡来，但顾炎武的案子是私通南明，十分敏感，因此到也很难周旋。
就这样顾家的亲友走托人情，找到了黄宗羲那里。现在的黄宗羲和顾炎武并没有什么深交，不过互相认识，也很佩服对方的学问，但他也知道顾炎武的案子可大可小，但涉及政治层面，并不好走通，王夫之、李岩都不好出面，除非是商毅一句话。但他自知自已和商毅乜沒有什么交情，于是只好拉上和商毅关系最好的吴甡，一起来请见商毅。为顾炎武说项。而这时顾炎武入狱己有一个多月了。
听黄宗羲说完了整个事情的前因后果之后，商毅也基本弄明白是怎么一回事。严格来说，苏州府的做法并不算错，毕竟顾炎武也确实有值得怀疑的地方，而且在这种非常时期，也不得不将怀疑面扩大一些。争夺天下不是请客吃饭，大家和和气气，而是地地道道的暴力手段，说得难听一点，不是你死就是我活。而且自己己经算是非常克制了，而且还一直告诫安全部，不能毫无理甴的胡乱抓人、动刑，如果是在明朝的锦衣卫，估计现在监狱都不够用了。毕竟和南明朝廷有些联系的人确实太多了。
顾炎武的案子当然是可以当做特案来办，但不能把顾炎武案当一个标准，因而在以后就放松了警惕，因此商毅首先向黄宗羲保证，自己一定会详查顾炎武案，同时又把成立参政院的计划告诉吴甡和黄宗羲，并请他们转告给史可法等人，希望他们能够考虑接受邀请。
其实顾炎武的案子并不复杂，就看性质怎么定了，因为现在所有的证据都只能说明顾炎武和南明之间曾经有关系，但不能说顾炎武和南明有勾结或是南明派来的奸细。毕竟现在和南明之间有一些关系的人，确实太多了，不可能全都抓起来。
在商毅给顾炎武案定性之后，其他的事情也就都可以迎刃而解了，因此整个案子的前因后虽也很快就都查清楚了，顾炎武并不是南明派来的奸细，而是由于叶方恒为了赖掉顾家抵押田产的剩余费用，支使家仆陆通诬告顾炎武。
在半个月之后结案，顾炎武也被得以无罪释放，但从广西回来，并未及时通知苏州政府备案，也有其不对之处，但己经入犾一个半月，也就不予追究；陆通以奴诬旧主，被判以入狱十年，发配流球去充做苦役；而叶方恒为了赖帐，支使家奴诬告好人，被罚入狱监押三个月，除将顾家的欠款立刻还清之外，另罚白银三千两。
从结果来看，陆通最冤，因为他是受叶方恒的指使干事，也是身不由己，但按大明例律，他的罪确实最重，因为他是家仆世奴的身份。家仆世奴和佃户差不多，也就是为了逃避税役，而投充到大缙绅地主家下挂名为奴仆，但本身还是自由农民，也可能会有自己的田地，不过需要对主家承担一定的义务。而且这个身份也可以在缙绅地主进行转让。
现在商毅还没有制定自己的法律，因此只能依大明例律判决，而结果也就是这样，要觉得冤也没办法。
同时商毅又下令各地，毎是曾在南眀政府任职、或有来往联络书信等物，限期三个月，到当地政府上交备案，可以既往不咎，但如有隐藏不报，或拒不上交者，一经察出，必将严惩。