另外这时还有一批最早跟随商毅起事的士兵，也到了退役的时候，他们的学识或许差一些，但受过几年的jūn_duì 熏陶之后，也养成了严谨、效率、尊守纪律、服从命令的作风，同时亲民爱民，不能欺负老百姓的原则，也深入他们的思想中，这也基层官员最重要的素质。
虽然这一批士兵的人数并不多，因为一部份战死在疆场，另一部份晋升为中高级军官，但也有千余人，加上毕业的学生，总数约在三千多人左右，现在的基层官员储备人选，也比刚到南京时要充裕得多了。因此甴退役士兵充任基层官员，再由毕业的学生补充，可以使基层官员的素质,能力得到大大提高。而且等这一批官员在基层得到一定的煅练，晋升到中高层之后，也就可以成为商毅手下的重要骨干力量。
因此现在也就可以开始着手解决这些问题，可以开展一次整风行动，一方面是加强对官员们的思想教育，煞住目前己有抬头的安逸、享乐、特权、骄傲等风气。另一方面也是对现有官员进行一次查核，淘汰一批不合格的官员，重新启用一批经过培训的新手，并且建立完善的基层官员档案和选拔晋升制度，以及再培训制。另外还必须为将来击败清廷，统一全国考虑，有必要再建立一个新部门，付责筹备新占领地区的官员派遣、组织、制度等工作，以免以后又出现这些问题。
这么看起来，果然还是任重道远啊，怪不得人都得天下难，治天下更难。当初自己占领长江六省之后，并没有急于北伐，而且停下来一心治理内政，积累治国的经验，这么做看来还真就对了，现在自己入主南京才一年多的时间，地盘也才只有六个省，就己经遇到了这么多的麻烦事情，如果真的击败了清廷，统一了中国，还不知道会有多少麻烦事。
当然考核更换官员，必须慢慢进行，不是在短时间內就能完成的，由其是现在，还要准备对菲律宾的战斗，因此事情还是应该一步一步来做，首先还是应该先将周元舟、刘原引、林之湖、林阳等人极时处制，并公开处制的过程和结果，向南京地区有一个明确的交待，其次是加紧对这四件事进行追查，一定要把这几件事情背后的推动力量。
就在第二天，【杭州时报】首先报导了周元舟、刘原引的消息，并且报导这两人已被南京刑部抓捕归案，正在进一步审理之中的消息。同时还发表了商毅以“违律者必惩”为题的发言。
另一方面侦破工作也取得极大的进展，引得周元舟贪污的那个妓女的身份己经査出来了，名叫紫若儿，现在是秦淮河边一家新开的一家名叫潇湘馆的青楼里的当红妓女，虽然目前还达不到当初秦淮八艳，以及后来的紫玲珑的水平，但在新一批的名妓中，也是数一数二的人物。而且跟据侦察得知，除了周元舟之外，这个紫若儿还与三名中层官员的来往颇为近密，刑部对潇湘馆的正常调查，都受到过阻拦。现在潇湘馆已经被安全部严密监视起来，一切的动静都在周琦的掌握之中。
而刘原引的案件中，更是大有收获，因为唆使刘原引砸商铺的三个酒肉朋友中，有两个人也己被抓拿归案，还有一个不知去向。虽然这两个人一口咬住，是与被砸商铺的老板有过节，才唆使刘原引去砸商铺，被砸商铺的老板却根本就不认识这两个人，因此双方有过节之说并不成立。而安全部又在这两个人的家里的一间地窖里，搜出了十几封信件，内容都是和清廷有关，大量的银钱，还有一部份武器以及一份名单。
就是在这份名单中，竟然发现了在去年商毅进入南京时，煽动南京百姓对商毅欢呼万岁的事件中的几个嫌疑人，而不知去向的那一个，正是这几个嫌疑人中的一员。其中有两个人就是潇湘馆里的执事人员。另外还有几个居然是杭州的手工工场场主,而且早就在安全部的监视之中。
得到这些线索之后，周琦也立刻下令，查操潇湘馆，虽然潇湘馆里人员也进行了负隅顽抗，但在火枪的打击之下，抵抗很快就失败，一部份被打死，以紫若儿为首，还有好几个名单上的人员都被活捉。同时在叶星士的帮助下，搜查人员也在潇湘馆室发现一间密室，二条地道，并搜出了大量的证据以及名单，不仅有南京、浙州、还有江苏、江西等地，甚致连绍武、永安、永历几个朝廷都有。
于是又通过地道，名单进一步扩大抓捕行动，同时还传令到浙江、江苏、江西等地。