接着商毅又正式任命李华梅为中华军驻吕宋军区司令员，兼任吕宋舰队司令员，军街为少将。吕宋军区直接归属于南京军区管辖，属于小军区一类，行政级别相当于一个军，而吕宋舰队则归属于海军部，与五大分舰队同级。在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十七艘，按海军的战船划分，拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十一艘，五级护卫舰七艘。辅助战船七艘。
不过舰队的人员缺额超过了一半，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都己经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治己经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人己经彻底被中华军打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中华军的天下，而在这种强大的武力面前,还有谁敢和中华军作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，在耶稣会的传教士的劝说下，也都纷纷来到马尼拉城，向中华军表示臣服。
等众人差不多聚齐之后，商毅首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死刑达到一千五百六十六人，包括总督查孔在內的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名传教士，以及阿诺基三世为代表的一批土著。当场执行枪决。参加审判大会的土著酋长头人们也都吓得心惊肉跳。而其他在马尼拉城里居住的西班牙人、待从，以及归附西班牙殖民者的土著，则都处以五到十年的苦役。
随后商毅才招集众土著酋长头人们，先严厉的将他们训诉一顿,指责他们附庸西班牙殖民者,欺压华人的行为。这一点到并不冤枉这些土著，虽然他们并没有像邦班牙部那样，直接充当西班牙殖民者的帮凶，但占华人一点小便易的事情，多少也都做过一些。只是有了大坏人，也就显不出小坏人来。但现在世道变了，大坏人己经被打倒，不少酋长都在想，是不是该清算小坏人了。有不少人都吓得哆嗦起来。
不过商毅把话锋一转，表示自己宽宏大量，对他们过去的行为都不予追究，但要求他们以后绝对服从中华军的命令，否则邦班牙部的下场就是最好的例子。
众酋长头人们听了，也都松了一口气，立刻纷纷表示，一定服从中华军的命令。而商毅也立刻趁热打铁，要救各部落都要抽调一部份青年土著，年龄在十六岁以上，二十五岁以下，男女各半，脱离本部落，做为吕宋总督府的直属土著。因为现在马尼拉的华人只有两万五六千余众，想要进一步开发吕宋，需要大需劳动力，这点人力当然不够，而在短时间内，对吕宋进行大规模移民也是不现实的，因此只能从当地土著中挖掘潜力。
尽管各酋长头人们心里都不愿意，因为十六岁以上，二十五岁以下的男女也都是各部落的主要劳动力，谁都舍不得。但血淋淋的事实就摆在眼前，谁还敢说个不字，因此也只好同意了。结果总督府一下就得到了三万多名年轻的男女，致少在近三五年之内，劳动力还是够用了。
而最后商毅又宣布，将邦班牙部遗留下来的全部人口都分配给各部落。邦班牙部的青壮年几乎全部战死，现在还有两万余人，基本都是老弱妇幼，其中少年儿童约有一万三四千人。
如何处理这一批人，也让商毅有点为难。全部杀了有些太过份，商毅并不喜欢搞种族大屠杀，但留着也是一个隐患，毕竟这个仇口不小，这批孩子长大了，肯定不会对华人有善意，还会种下**的祸根，因此商毅决定把这批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海岛部落中去，使他们完全分散，而且到了其他部落，这批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大lang来。
而其他各部虽然都被抽调出一部份的青年劳力，但也得到了一定的邦班牙部人口，虽然都是老弱妇幼，也算是有所补偿，特别这这批少年儿童，几年之后也都能成长为新的劳动力，因此心里也都觉得好过一些，同时也觉得中华军还是比西班牙人强一些，西班牙人才不管那个，一定会把他们全都杀了。