在一个小时以后,伏波军的登陆士兵攻占大沽口南岸残余炮台，并且在炮台上清除残余的火炮、工事等设施。
成功的攻占了大沽口南岸的炮台之后，舰队的士气大振，而且这时辅助战船也己经淸理刚才海战战场，赶来和主力战船汇合。伏波军的辅助战船都是据有相当战斗力，兼有战斗和运输功能的船只，因此辅助战船的到来，也完全可以弥补在进攻南岸炮台中受到的损失。
同时南岸的炮台被摧毁之后，清军的水军基地也完全失去了一侧的保护，因此成钢也决定，将舰队一分为二，共时向大沽口北岸的炮台，和清廷的水军基地同时发动进攻。
当下舰队立刻分开，在进攻南岸炮台受伤的战船暂时靠岸，进行抢修。同时成钢派出三十二艘战船，进攻清廷的水军基地，自己率领其他战船，向大沽口的北岸进发，攻击北岸的炮台。
这时清军在水军基地中停泊的各种战船大约还有近一百艘，虽然都是小船，但也并非全无一战之力。只是刚才中华军的舰队进攻南岸炮台猛烈的火力对攻，以及最后那一下爆炸，令清军的海军士兵们心惊胆寒，谁也没有勇气再出港去与中华军的作战。
另外郑芝龙也看得十分清楚，这一战无论出不出击都是输，如果冒然出击，只怕还会落得个全军覆沒，因此不如索性放弃基地撤退，败个干脆，这样还能够保住一部战船，而且郑芝龙更是不想和儿孑对阵。于是也立刻下令，所有的战船都向海河里面撤退，到天津卫去汇集。如果多尔衮要因此而怪罪自己，那也是沒办法的事情，要杀要剐，也只能悉听尊便了。反正自己死了，也有人会力自己报仇。以商毅现在的实力，完全可以击败清廷。
结果舰队向清廷的海军基地发动进攻之后，竟未遇到一点抵抗，等轰开了基地的水墙，杀入基地的时候才发现，原来清军所有的战船都在争先恐后的向海河里面逃窜。
清军的战船基本都是小船，到是几乎都可以在海河的河道里行驶，但海河本身也并不是什么大河，通过入海口之后，河道逐渐缩窄，百余艘船想一下子全部都驶进海河里逃走，根本就不可能，何况这里面还是有几艘比较大的战船。而清军一听到撤退的命令之后，也都立刻起锚扬帆、荡桨击橹，纷纷抢着向海河里赶去，生怕自己落到了后面，结果你争我抢，秩序大乱，不少战船都互相撞碰在一起，挤成了一团，反而把本来就不宽的河道也给堵了一个严严实实。
就在这时，中华军的船队也杀入了淸军的水军基地，尾追着撤退的战船赶了上来。因为这时清军的战船太过密集，伏波军的各条战船连舰炮都懒得用，直接点燃了几个霹雳火箭的发射筒，向战船堆里发射过去，结果有不少战船都被霹雳火箭击中，燃烧起火焰来。而有一些火油虽然落到水里，但由于这时战船太过密集，根本就无法闪躲，明明看见了前方海面上有一团火焰，但还是身不由已的撞了上去。
而着火的船在船群中左右撞击，又将火焰不断向身边的其他战船上蔓延，结果没过多久，就有二三十条战船都被点着了，大火燃炸起来，映红了整个河海交汇的水面。而着火战船上的清兵们也只得纷纷跳船逃命。有些船只见实在挤不进海河里去，也只好就退了出来。但马上又遭到中华军各舰的炮火打击。
有的战船见势不妙，只好降下了船帆，挂起了白旗，表示投降。不过着火的战船却将海河的入海口给堵住了，因此进入海河的战船居然就这样轻易的逃脱了中华军的追击。
郑芝龙在这方面十分机灵，在下达了撤退的命令之后，自己就首先闪人，而且还没有乘座荷兰造的大船，而是改乘一艘三百料的小船，率先进入海河的河道中，十分平安的撤离了基地。
等到达天津卫之后，郑芝龙清点剩余的战船，还有四十三艘，而且居然还有两艘荷兰造的大船，虽然其中有一艘在离天津卫十余里的海河里搁浅了，但毕竟还是平安的逃了出来。郑芝龙自觉得这样的结果，对多尔衮还是能够交持得过去的。因此就在天津驻扎下来，然后派人向北京报告。