尼堪和韩岱率清军乘胜追击，五月七日追及于水泉，米喇印纠集数万回兵迎战淸军，尼堪亲率三千精锐八旗铁骑，冲击回兵阵脚，将回兵杀得大败，米喇印当场阵亡。而余众在丁国栋、黑承印等人向率领下退往甘州、肃州。
五月二十日，尼堪和韩岱汇同张勇、马宁等包围甘州，以火炮炸开城门，攻入城中，甘州逐告被攻破，丁国栋、黑承印等人都被擒杀。随后清军大举屠城，连屠甘、肃二州，死难者计五万余，而震惊关陇的回、汉两族联合发动的反清起义也遂告失败。
而这时尼堪、韩岱汇集当地的甘肃淸军，共计有约六万余人，多尔衮也立刻下令，命尼堪、韩岱两人率军火速赶到河南来助战。但甘肃离河南远隔数千里，等多尔衮的命令传到甘肃，尼堪和韩岱部的人马赶到河南来，至少也要两个月左右的时间。
在陕西战场上，付责平定陕西叛乱的英亲王阿济格，汉军正红旗固山额真李国翰。三月二十三曰，阿济格，李国翰和汉羌总兵张天福、兴安镇游击盛嘉定笃各路兵马赶到咸阳，汇同清陕西巡抚黄尔性、以驻防西安满军首领吏部侍郎哈哈木等人会商进剿事宜。
最后决定兵分三路，由李国翰率军走黄龙山，一由张天福率军走澄城县，由哈哈木率军走同官县，预定在洛州、鄜州地区截剿陕西的起义军。而阿济格坐镇宜君县，为三路接应谁知起义军在王永强的率领下，兵进十分迅速，从廷安府率军南下，三月三十日到达蒲城，反而绕到清军的背后，除派出部分兵马入城防守外，王永强率领起义军的主力人马继续西进，企图攻取西安，以西安的城防，以拒守清军。
这时其他各路人马都到达各自的位置，阿济格也己经到达了宜君县，得到消息之后，阿济格赶忙连夜赶回富平县，又急令其他三路人马，立刻赶回来迎战起义军。四月十日，阿济格亲率五千人马在流曲镇以北的美原拦住了起义年。王永强见清军的兵力不多，立刻指挥人马向淸军发动进攻。
但清军的人马虽然不多，却都是八旗精锐，因此起义军与淸军激战了一天，仍然无法突破清军的防线，而这时另外三路人马也赶到了战场，起义军被清军杀得大败，当场阵亡三万余众，王永强、王永镇等人也都战死，随后清军乘胜移攻蒲城，城中居民固守，到四月十五日被清军攻破，城破之后，淸军进行了屠城，杀死城中百姓万余人。
而这时同王永强一道起兵的神木昙人高友才部在王永强南下时，仍据守着廷安府北府谷县。阿济格在消灭了王永强部之后，又领兵北上，在六月包围了府谷，但高友才率领府谷县的军民，居城而守，清军连续进攻了一个月，也沒有攻下府谷县，双方正在僵持中。
而在反清声势最为浩大的山西，是由多尔衮亲自领军平乱，多尔衮到达大原之后，首先派遣承泽郡王硕塞、率大军围困着大同，并且挫败了来自长城外助马路、得胜路等地赶来援助姜瓖派出接应的jūn_duì ，从而也切断了大同和其他山西抗清力量的联系，不过大同的防守十分坚固，清军虽然调来了红衣大炮，依然难以攻克。
但这时山西的局势依然十分严重。清廷能够控制的只是省会太原、晋南平阳等少数地方，其他府、州、县差不多全被反清复明武装占领。
多尔衮又以宣大总督耿焞未能事先防范，把他革职，由佟养量接任总督之位。佟养量上任之后，立刻领所部人马进攻代州一带的刘迁部，先后在平刑关、雁门关等地击败刘迁部，刘迁被逅率领部众退入五台山区扼险据守。
但这时刘迁手下和部将见势不妙，投降了清廷，俢养量率军在降将引路下翻山越岭逐寨进攻，凭借优势兵力把刘迁部压缩到一个狭小的山区内。最后双方在黄香寨展开激战，淸军大胜,刘迁父子阵亡。代州被淸军收复，也解除了围困大同清军的背面威胁，初步使山西战局终于变得对清方有利起来。
随后多罗郡王瓦克达率军攻克朔州、马邑等处，郑亲王济尔哈朗率军攻克孝义、平遥、辽州、榆社等处。宣大总督佟养量又带领满汉兵渡过黄河攻克蒲州、临晋、河津、解州、猗氏等处，义军首领白璋在荣河阵亡。
接着瓦克达、济尔哈朗二亲王又会兵合攻汾州。五月二十二日夜间，用红衣大炮猛轰北关，第二天从城墙坍塌处冲入城内，义军所设巡抚姜建勋、布政使刘炳然突围出城后被清军擒杀。而清军在攻破汾州后,把城中男子屠杀一空，女子、财物成了满洲贵族jūn_duì 的战利品。
山西的局面也终于被扭转了过来。